（2）、协调原则。水资源的公共性和对其使用方式的多元性决定了其资源保护管理的任务绝对不可能是单一机构就能完成的，必须有各相关部门的配合，而这种配合必须是协调的。协调是为了避免采取互不相容的政策，控制各机构的活动与决定，使大家步调一致地追求已确定的共同目标和目的。协调既要避免矛盾、又要解决矛盾，既有预防性、又有战略性，既有程序性、又有实质性。在对水资源保护的管理过程中，必然会产生权力的交叉与分割，存在实际上的权力相对分散的多元化体制，也必然会出现分权与平衡的问题。这种情况下，就必须正确处理统一管理与分权的关系，在保证管理效率的前提下，确立合理解决矛盾的原则，建立广泛的处理机构间权力冲突的机制。这种机制表现在法律上就是要明确各管理部门的具体职责与权限，明确各部门行使职权的法律程序和行为范围，以协调各部门在长江水资源保护管理中的关系。在协调原则下，统一管理是基本目标，各部门在这一目标下分权与平衡：必要的权利交叉既有侧重点又有勾通程序，适当的权力分割也不是互相推诿和扯皮的借口。统一管理机构与分管机构之间的关系也是相互配合和依存的关系，它们各自均有明确的地位、功能和作用，既不能相互替代，也不能相互竞争，而是为了实现共同的管理目标各负其责。具体而言，水资源保护管理机构在水资源管理体制中处于核心地位，水流域内的各区域性环境保护部门、水利管理部门以及渔政渔港管理部门、航道管理部门等均是协管部门，各部门应在法律赋予的职权范围内进行管理；同时，还必须接受统一管理部门的宏观调控，及时调整工作方向，避免因权力的竞争损害权力目标的实现。过去，正是由于没有统一的水资源保护立法，才出现了管理上的种种混乱，现在要制定有关法规，当然首先要解决好管理体制的协调问题，确立各部门间的正常关系，以保证管理目标的实现。
（3）、民主决策原则。水资源保护管理从一定意义上看就是对水资源这种公共资源的分配与控制。在对水资源供给的分配中，不仅需要有效，也需要公正、合理。使这种分配有益于实现环境保护的总体目标，有益于实现社会的共同利益，即公众的长远利益。而集体决策、民主决策，便是应用正义与公平的必要条件。这就需要合作与参与，需要有对决策过程的了解和提出批评的权利，更需要有参与和对决策进行修改的程序。因此，在功能性权力集中的同时，还必须建设决策性权力的协调合作机制，以使决策科学、公正、合理。保证合理、公正的水资源管理体制存在于民主决策与功能权力集中的复合结构之中。多元的决策与集中的控制执行相结合才能构成"完善"的水资源保护管理体制。为保障民主决策原则的实现，在水资源保护管理体制的构建中，就必须充分注意各管理机构、各管理相对人的民主权利，在法律上赋予他们相应的地位与权力，设置必要的程序，保证这些权力的实现。