之所以在论及司法机关与权力机关关系时要么回避，要么持有限独立的原因在于我国宪法规定法院由权力机关产生并对其负责。在这一框架下，无论在理论上还是实践中都无法突破出司法权独于与立法权现状。对于这样的制度设计，出于主权者认为国家主权是一个整体，不能按孟德斯鸠的“三权分立”理论把国家权力进行分割，“三权分立”是资产阶级的民主，而不是人民的民主，担心把国家权力分为相互独立的三部分有碍于人民民主的实现。恰恰相反，暴政往往是权力过于集中的结果，现代民主国家不可能建立在权力集中的基础上，政治文明的国家必须使国家权力有所分工，把国家权力分为立法、行政、司法三种权力并交由不同的机关行使，在他们之间设计相互独立、相互制衡的运作方式正。实际上，我国宪法并没有规定权力机关高于司法机关，司法权不能独立于立法权。只规定司法机关由权力机关产生，对权力机关负责，接受其监督。其立法精神的真实含义应是立法权和司法权是两种相互独立、相互制约的权力，人民代表大会监督法院不能理解为干预法院的审判，法院对人民代表大会负责也不能理解为在人大的领导下开展审判工作。人大的监督权恰好体现了立法权对法院正确行使司法权的督促，防止司法权的滥用，把人大的监督理解为司法独立的组成部分和有限司法独立实乃误读宪法精神所致。所以，建构独立的司法体制应包括司法权独立于行政权和立法权两方面，司法权只独立于行政权对于真正意义上的司法独立还是不够的，在立法权和司法权独立问题上纠缠不清，或主张有限的司法独立都不可能建立起真正意义上的司法独立，司法独立的本意还应包括立法权上的独立。

　　在目前，潜规则能够从外部轻松地渗透到司法运作中，与司法不能独立于立法权有很大的关系，地方政府部门往往借变相的人大监督干忧法官的审判。一些地方长官在涉及到本地区、本部门的利益的案件中，往往可以通过案件协调会、通气会等形式指使法官按会议的决定审理案件，甚至地方官员个人也可以直接授意法官按其意志来审判，受制于人大的法院很难按法律的运作方式把握案件的审理。独立的司法体制可以改变司法行政化运作的现状，也是抵御潜规则入侵的重要途径，使法官可以在没有压力的环境完成法律的适用过程，堵住潜规则入侵的突破口。

　　（二）落实法院独立审判权和法官责任制有助于从法院内部消除潜规则的影响。我国诉讼法规定，人民法院审判案件不受任何组织、团体和个人干涉，由此确立了法院独立审判的原则。但对于承担具体审判工作的法官在审理案件过程中是否也排除任何组织、团体和个人的干涉却没有明文规定，按照我国目前的法院层级设置和案件管辖范围，以及法院内部的实际运作，法官在审理案件过程中，院长、庭长完全有可能利用手中的职权干预法官的审判，法官不能自主审判，法院的审判权也在很大程度上受制于上级法院。行政化的司法运作使法院独立审判原则难以发挥实效，给潜规则的入侵留下了隐患，解决之道在于改革法院的层级设置和审判制度，真正落实法官责任制。

　　作为行使裁判权的法院天然要求独立行使审判权，除了不受立法权和行政权的干扰外，法院的内部也不应该存在指导与被指导的上下级关系，上下级法院之间应有明确的职权定位。按我国目前的法院设置，四级法院的职权范围是模糊的，除了基层法院，都可以成为上诉法院和一审法院，上下级法院之间的审判范围没有明确的标准，事实上造成管辖范围的不清。上诉法院行政级别强化了上下级法院之间行政关系，上级法院经常“指导”下级法院的审判工作。这样一来，不同的法院其审判职权有了大小之分，下级法院的独立审判常受到上级法院的干扰。要改变法院行政化的运作的现状，必须改革法院的层级设置，参照巡回法院的模式建构全国的法院系统。在法院层级的设置上，撤消现行上级法院既是一审法院又是上诉法院的体制模式，设巡回法院负责上诉案件的审理，各省、市、区、县的法院按其驻地划定管辖范围，不再承担上诉案件的审理，各法院行使同一审判职权，最高人民法院负责司法解释和死刑复核，不直参加案件的审判。在审判方式上，改变科层的运作方式，实行谁审判谁负责的审判制度，强调法官的自主性，落实法官责任制，法官对自己审理的案件负责。院长、庭长行使审判权时和普通法官的审判职权同等，不得利用行政权力干预法官的审判，法官审判案件也无需向庭长、院长请示。审判委员会改为咨询机构，撤消其决定审判结果的权力，只负责向法官提供案件的司法建议。