二是对符合法定条件的申请人不予行政许可或者不在法定期限内作出行政许可决定的。根据本法的有关规定，行政机关在经过审查后，对于符合条件的申请人不仅应当准予行政许可，还应当在法定的期限内作出准予行政许可的决定。除可以当场作出行政许可决定的情形外，行政机关应当自受理行政许可申请之日起20日内作出行政许可的决定。如果20日内不能作出决定，经本行政机关负责人批准，可以延长10日，并应当将延长期限的理由告知申请人。行政许可采取统一办理或者联合办理、集中办理的，办理的时间不得超过45日；45日内不能办结的，经本级人民政府负责人批准，可以延长15日，并应当将延长期限的理由告知申请人。行政机关作出准予行政许可决定的，应当自作出决定之日起10日内向申请人颁发、送达行政许可证件。
    本条第二项所列的两种现象既与行政机关及其工作人员的官僚主义作风有关，也与其他的一些因素有关。比如，个别地方的行政机关在实施行政许可中搞地方保护和地区封锁，不允许外地的药品进入本地市场，不允许外地的个人或者企业进入本地进行项目投标等。对符合条件的申请人不予行政许可或者不在法定期限内作出行政许可，是长期行政许可实施中一个比较突出的问题，它直接损害了申请人的合法权益，降低了行政管理效率，损害了行政机关在人民群众心目中的形象。
    三是在招标、拍卖和考试等特殊行政许可领域的违法行为。根据本法的有关规定，对涉及自然资源的开发利用和公共资源的利用以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等赋予特定权利事项的行政许可，行政机关应当通过招标、拍卖等公平竞争的方式作出决定。比如，对于交通航线、海域使用、无线电频率、市政设施建设、出租车经营、电信经营、金融保险经营等等事项的行政许可，都应当通过招标、拍卖的方式进行。根据本法的有关规定，对提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项，行政机关应当依法举行国家的考试，并根据考试成绩和其他法定条件作出行政许可决定。实践中，这方面的违法情形比较严重。比如，在建筑施工方面，一些行政机关对应当实施招标、投标的工程项目，不实施招标、投标，或者将招标、投标作为走过场的形式，作出行政许可决定时并不以招标、投标的结果为依据。再比如，不少涉及在举行国家的公民资格许可的考试，一些行政机关并不以考试成绩择优作出行政许可决定。行政机关在招标、投标和考试等行政许可活动中的不公平行为，一个重要的原因就是其中存在腐败现象。