综上所述，依据《中华人民共和国合同法》第一百零七条、第一百一十四条第一款之规定，判决如下：
一、被告辽宁金鹏房屋开发有限公司于本判决生效后，立即将符合回迁安置条件及按双方所签订的搬迁补偿协议约定条件，按1030平方米网点房给原告沈阳日新商贸有限公司回迁安置；
二、如被告辽宁金鹏房屋开发有限公司不能将符合条件的房屋给原告沈阳日新商贸有限公司回迁安置，则由被告辽宁金鹏房屋开发有限公司在该地区按同类地区的现行市场价格为原告沈阳日新商贸有限公司购置符合条件的1030平方米网点房给原告回迁安置，所需费用由被告承担，或由原告沈阳日新商贸有限公司在该地区按同类地区的现行市场价格自行购置符合条件的1030平方米网点房，所需费用由被告承担；
三、被告辽宁金鹏房屋开发有限公司于本判决生效后立即给付原告拖欠的工资补偿款（截止至2006年9月16日）501万元；如未按本判决指定的期间履行给付金钱的义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息；