2001年9月9日，原、被告又签订一份补充协议，约定被告给原告10万元补偿，并取消原协议中造价差价款10万元；原告须自协议签字之日内（即9月25日）将房屋移交被告。
被告实际于2001年9月17日将房屋移交给被告，被告分别于2002年10月14日、2003年6月12日、2004年5月19日分三次总计给付原告工资补偿款9万元。被告在开发建设中，因原批复划拨给被告的国有土地使用权及免综合配套费等优惠政策，被有关部门重新调整为一般商业开发，并需交纳各项费用，同时，对地铁项目所占用被告的项目用地，折算费用后补偿给被告。被告依此提出由于政府行为造成其资金困难，被迫停工而使工期延长，系属不可抗力。