刑法的设定在于维持社会秩序的稳定和保障公民的自由权利。作为“善良市民的大宪章”、“犯罪人的大宪章”的刑法，刑罚权的指向并不只是国家对于破坏公共生活秩序的公民的一种单向度的镇压和惩罚，而更是在限定刑罚权的范围和强度，从而使其为暴力赋予了正义的光环。因此，刑法的秩序维持功能与自由保障功能必须达到相对的平衡[①]，而这种平衡应当是在具体的社会经济的、文化的、政治的环境下实现的。存疑有利于被告原则的确定，就是为了保证这一平衡的实现而阐发的。在刑罚权的具体运作中，当刑罚权的施予所依据的事实与法律存在模糊时，作出有利于被告的判断，正是为了提升在国家机器面前作为弱者的被告人的地位，从而验证国家刑罚权的正当性：正当的刑罚比严苛的刑罚更有效。

　　一、存疑有利于被告原则的内涵和理论定位

　　作为一条刑事司法原则，存疑有利于被告原则，是指在适用法律和认定案件事实存在模糊之处时，应作出有利于被告人的结论。详言之，即在一个具体的刑事诉讼中，当出现对法律理解的不一致，或者案件事实的证明过程中出现不确定的因素时，应作出有利于被告人的解释或有利于被告人的事实认定。因此这一原则不仅是一条确定刑事责任的原则，也应当是法解释中所应秉持的原则。从实体法与程序法的关系上分析，这一原则应贯彻于整个刑事诉讼中，既包括已经能够证明的事实是否符合某一具体的构成要件或者适用刑罚存在疑问时，也包括待证明的事实存在证据不足或是存在相互矛盾时，前者基本上解决的适用实体法律的问题，而且主要是刑法规范的解释问题，后者则主要是证明问题而归属于程序法的范畴。

　　从这一定义出发，该原则的适用前提包括两种情形：一是，法解释存在疑问时；二是，事实存在疑问时。第二种情形主要是证据问题，对此刑事诉讼理论已经予以较为充分的认识，并在具体规范上予以了贯彻，比如存疑不起诉制度（刑事诉讼法第140条第4款）、审判程序（刑事诉讼法第162条第3项）中均有所体现。而对于第一种情形，在刑法理论中并没有给予足够的重视。在一个具体刑事诉讼中，事实认定与适用法律是整个诉讼活动运作的核心所在，前者的基本内容是证据和证明问题，后者实际上在对法规范解释基础上的适用。[②]法规范的解释不仅是较为宏观地从一个静态的法律文本抽象出一般适用的原则和规则，而且更为重要的是解决具体的适用问题。“法律不是摆在这儿供历史性的理解，而是要通过被解释变得具体有效。”[③]

　　这一原则与“有利于被告原则”在使用上有所不同，后者往往是在更为广泛的层面被使用着，比如刑法关于溯及力要坚持“从旧兼从轻”原则、数罪并罚制度中坚持以限制加重原则为核心的折衷原则的规定，以及刑事诉讼法关于上诉不加刑的规定中都有所体现；其理论基础也是体现刑法的自由保障机能，即从刑事法制度上保障被告人的权利，其不存在存疑有利于被告原则适用的前提即“存疑时”。[④]该原则与疑罪从无原则的区别也是明显的，后者作为一条定罪原则主要是指案件事实不能查清或者不能完全查清时，应当对被告应作出从宽的处理[⑤]，因而疑罪从无原则解决的是当事实存在疑问时的刑事责任的确定问题。

　　二、存疑有利于被告原则的理论基础

　　拉丁文in dubio pro reo即“疑问时有利于被告人”原则，是解决举证结束后适用法律时产生的疑问，其前提是判决中具有重要意义的事实的认定尚存在疑问。而这条罗马法中的名言被视为无罪推定原则的法思想源泉[⑥].为了不使刑事诉讼程序悬而不决，基于法安全（Rechtssicherheit）事由，而在规定的期限内结束刑事诉讼程序。该原则为习惯法所承认。[⑦]同样的思想在我国西周时期就已经被详细阐述了。《尚书》云：“与其杀不辜，宁失有罪。与其增以有罪，宁失过以有赦。”[⑧]对于存疑的案件，可以责令被告人以金赎罪，“墨辟疑赦，其罚百锾，阅实其罪。劓辟疑赦，其罚惟倍，阅实其罪。剕辟疑赦，其罚倍差，阅实其罪。宫辟疑赦，其罚六百锾，阅实其罪。大辟疑赦，其罚千锾，阅实其罪。”[⑨]这一思想对后世法律影响很大。《唐律疏议。断狱》“诸疑罪，各依所犯以赎论”；《大元通制》也规定“诸疑狱在禁五年以上不能明者，遇赦释免”。[⑩]这一思想所表达的内容，仍主要是案件事实不清时作出有利于被告人的决定，而并未包括法解释出现疑问时的处理问题。但是，对于刑罚的施与采取谨慎的态度却是古今中外的共识，尽管所依据的是渲染“仁政”的统治学说，还是维护人权的人道理论之间具有天壤之别。