完整、连续、合理的羁束性程序规范的欠缺，严重影响了对行政相对人实体权利的保障。为了制约行政主体滥用行政处罚自由裁量权，应建立健全多元化的控制机制，在法律程序上进一步完善、规范对行政处罚自由裁量权进行监控。借鉴别国经验，结合我国实际情况，控制海事行政处罚自由裁量权的程序机制应由下列程序制度构成：
1、情报公开制度。情报公开又称情报自由，是指凡涉及到相对人权利、义务的行政信息资料，除法律规定应予保密的以外，有关机构应依法向社会公开，任何公民或组织均可依法查阅或复制。我国的法律法规尚无对情报公开作统一的、明确的、详细的规定。但有关法律已作了部分规定，如《行政处罚法》第4条规定，对违法行为给予行政处罚的规定，必须予以公布，未经公布的规定，不得作为行政处罚的依据。
情报公开制度公开了行政主体据以作出行政处罚的相关材料，使公众知晓哪些是行政主体该做的，哪些是不该做的，什么是自己能做的，什么是自己不能做的。从而有利于公众行使和实现自己的权利，有利于扼制自由裁量权的滥用。
2、告知并说明理由制度。这是一项基本的行政程序制度，该制度要求当行政机关作出行政处罚决定时，应当告知行政相对人行政处罚决定的内容，并说明其事实根据和法律依据。
（1）表明身份程序。表明身份制度是指行政主体及其执法人员在实施行政行为之前，要向相对一方当事人出示执法证明或授权令，对表明自己享有进行某种行政行为的职权或权利的程序。这一制度对控制行政处罚自由裁量权而言，它可以通过行政主体及其工作人员自觉公开其身份的方式使相对人免受不法侵犯，防止他超越职权、滥用职权。同时，这一制度还为行政回避制度的建立奠定基础。
（2）行政教示制度。行政教示制度是指行政主体在进行某项行政行为之前、之后、之中对行政相对人享有哪些权利、承担哪些义务，如何行使有关权利、履行有关义务以及其他有关事项，负有的以书面或口头形式告知相对人并加以指导的义务，若行政主体没有履行该项义务而遭受损害，则应承担相应的法律责任的程序制度。行政教示制度的具体内容至少应包括教示主体、教示时间、教示方式、教示不当的法律后果等几个方面的内容。在教示的方式上，由于教示是一种灵活的程序行为，口头或书面的方式都可完成。但个体选择哪一种方式，要结合当时的主客观情况，作出最有利于相对人、最能达到教示目的选择。教示的时间，可以根据教示的不同内容和行政程序的不同阶段，在行政行为之前、之中、之后进行。
（3）行政行为说明理由制度。行政行为说明理由制度是指行政主体在作出对行政相对人合法权产生不利影响的行政行为时，除法律有特别规定外，必须向行政相对人说明其作出该行政行为的事实因素、法律依据以及进行自由裁量时所考虑的政策、公益、形势、习惯等因素。行政主体在作出行政处罚决定时，应向相对人说明行为的合法性和合理性的理由。前者包括说明行为合法性理由的事实依据和法律依据；后者包括说明行政主体正当行使行政处罚自由裁量权的依据，如政策形式、公共利益、惯例、公理等。这一制度的具体内容至少应包括：适用范围，说明理由的时间、方式、内容、质量要求，说明理由之瑕疵及其后果等几个方面的内容。
行政行为说明理由制度要求行政主体在作出对相对人行政处罚决定之时，必须给以合法、合理的解释，以达到以理服人的目的。它可以迫使行政主体更加公正地行使行政自由裁量权，避免恣意行政，损害相对人的合法权益。
3、回避制度。回避制度是指与行政行为有利害关系的人员不得参与该行政行为的过程的制度。回避制度最早源于英国普通法的自然公正原则中“任何人不得作为自己案件的法官”的规则。对于控制行政处罚自由裁量而言，回避制度意义尤其重大，其主要价值在于防止行政行为人的偏私，保障行政处罚的公正性和增强行政处罚的合理性。因此，在行政处罚行使自由裁量权时，如相应事项与本人有利害关系的，则不能参与该事项的处理，应当回避。