税务检查部门在办案中，对纳税人取得虚开的增值税专用发票进行处理时，有两种不同的处理方式：税务检查部门认定纳税人属于善意取得虚开的增值税专用发票，对其不以偷税或者骗取出口退税论处，但纳税人已经抵扣的增值税进项税额或者取得的出口退税，必须依法追缴。若税务检查部门认定纳税人非善意(即恶意)取得虚开的增值税专用发票，必须追缴纳税人已经申报抵扣的增值税进项税额和税务部门已经退还的出口退税额，同时，对纳税人按照偷税和骗取出口退税予以处理，处以偷税、骗税数额5倍以下的罚款。

　　但是，如何判定纳税人是否善意的取得虚开的增值税专用发票，在操作中有一定的难度，一般情况下，应该从以下几个方面进行判定：

　　第一，从纳税人是否有货物交易行为上判定。税务检查部门在对纳税人取得虚开的增值税专用发票进行检查的时候，首先要核实清楚纳税人是否真正发生购销业务往来，在对纳税的有关财务凭证、仓库资料、相关证人进行实地调查后，证实纳税人在取得虚开的增值税专用发票期间，并没有货物交易，此时，税务检查部门可认定纳税人不是属于善意的取得虚开的增值税专用发票，即恶意取得;若证实纳税人有真实货物交易，则需要继续进行取证。

　　第二，从纳税人购货和取得虚开的增值税专用发票有关内容是否一致上判定。供货企业和增值税专用发票开票方是否一致。若供货企业和增值税专用发票开票方不一致，税务检查部门可认定纳税人属于非善意取得虚开的增值税专用发票;若供货企业和增值税专用发票开票方一致，则要继续跟进。供货企业和增值税专用发票上货物名称不一致，税务检查部门可认定纳税人属于非善意(即恶意)取得虚开的增值税专用发票;若供货企业和增值税专用发票开票方一致，则要继续进行取证。取得供货企业开出的非供货企业所在地的增值税专用发票，税务检查部门可认定纳税人属于非善意取得虚开的增值税专用发票。

　　第三。从纳税人取得虚开的增值税专用发票和货物之间的关系上判定。

　　第一种情况：货物和发票不是由开票方一并提供。

　　(1)先有发票后有货物。若纳税人自己购货，并向第三方取得增值税专用发票的，此时，这种情况说明了纳税人主观上具有偷税意识并作出具体行为，税务检查部门可认定纳税人不是善意的取得虚开的增值税专用发票，即恶意取得。