被告在举证期限内提交了以下证据：1、《盐田港二期疏浚工程合同文件》；2、《租船施工合同》（1998年10月21日签订）及其《结算书》；3、《租船施工合同》（1999年9月23日签订）及其《结算书》；4、税收完税证一张；5、银行进帐单一张；6、“深圳市建筑安装专用发票”一张；7、深圳市盐田港集团有限公司三期工程管理部出具的《证明》一份。

    针对被告的答辩，原告抗辩称：根据《盐田港二期疏浚工程分包合同》中的条款，原告自行负责分包工程的所得税，并没有约定由被告代扣代缴，也没有约定由原告负担被告的所得税，因此被告所欠工程款中不应扣除被告缴纳的所得税的金额。根据原告与被告签订的两份《租船施工合同》，被告租船收入的营业税由原告代扣代缴，双方互扣营业税的计算结果与双方不互扣营业税的结果完全相同，因此租船款的营业税61，645.12元也不应从工程款中扣除。关于租船款的滞纳金问题，因原、被告双方在分包合同结算书中对租船款已经作了处理，未提及利息和滞纳金，应视为被告放弃了利息或滞纳金的主张。

    经审理，原、被告对以下证据和事实没有异议，本代理审判员予以确认：1997年12月9日，作为雇主的深圳市盐田港建设指挥部及深圳盐田港集团有限公司与作为承包商的被告签订了《盐田港二期疏浚工程的合同》。合同约定：被告完成总量为500万立方米的港池疏浚工作；开工时间为1998年1月1日，竣工时间为1999年8月10日；在每次中期支付中，雇主将扣留结算总金额的15％作为保留金，工程最终竣工，通过国家验收后90天内，雇主将保留金无息返还。1998年3月11日，原、被告签订了《盐田港二期疏浚工程分包合同》。合同约定，被告将《盐田港二期疏浚工程的合同》中的120万立方米的工程分包给原告；分包合同价为10，739，150元；《盐田港二期疏浚工程的合同》的所有条款适用于本合同；被告根据月度进度测量结果向原告支付进度款，实际支付进度款按总包合同有关规定计算，扣除15％的保留金后为该月的实际进度款；被告收到雇主退还的工程保留金后三天内向原告支付分包工程的保留金；分包工程营业税由被告代扣代缴，被告应向原告出示已纳税的证明，原告应向被告开具有效发票；分包工程的所得税及其他政府机构可能征收的税种均由原告负责。

    1998年10月21日，原告与广州航道局第一疏浚工程公司签订了《租船施工合同》，约定被告将“湛江号”轮租给原告用于“深圳市赤湾港港池航道和妈湾港乐意码头港池维护工程”；有关税金由原告代扣代缴，结算时向广州航道局第一疏浚工程公司提供完税证明。12月8日，原告与被告第一疏浚工程公司签订了该合同的《结算书》，约定结算金额为1，610，000元。1999年9月23日，原告与被告签订了《租船施工合同》，约定被告将“浚峥轮”挖泥船及其配套船舶租给原告用于“深圳华安LPG码头挖泥工程”；有关税金由原告缴纳，并向被告提供完税证明。11月16日，原告与被告签订了该合同的《结算书》，约定结算金额为365，000元。