董仲舒对于儒学的改造集中于三个方面：首先是对孔子“天命”观念的发展，将其改造为一个至上神的形象。“天者，百神之大君也”（《春秋繁露。郊祭》），“天者，万物之祖，万物非天不生”。至上神的确立，为系统的君权神授观念奠定基础。“传曰：唯天子受命于天，天下授命于天子，一国则受命于君。君命顺，则民有顺命，君命逆，则命有逆命。故曰一人有庆，万民赖之，此之谓也。”（《春秋繁露。为人者天》），“故天将授舜主天法商而王……天将授禹主地去夏而王……天将授汤主天法质而王……天将授文王主地法文而王”（《春秋繁露。三代改制质文》）。由于董仲舒确立的至上神远比商周时模糊的“天命”观念完整，他的君权神授也就更有说服力。邹衍的“五德终始说”以在秦、西汉初被接受，董仲舒也将其纳入了自己的体系，发展为“三统说”，也是君权神授的另一种依据。董仲舒再一方面的工作是对“天人感应”的系统完善。他以天人同类为前提，“天亦人之曾祖父也”（《春秋繁露。为人者天》），并以同类互动作为证明，“……故气同则会，声比则应，其验 然也……善事召善类，恶事召恶类，类之相应而起也……物故以类相召也”（《春秋繁露。同类相动》）。因而人事的好坏与天的福佑与惩罚相应。灾异或祥瑞是天人感应的主要方式。与“天”相感应的并不是一般的民众，而是君王。天人感应实际是天对君王的一种监督。《汉书。艺文志》载“董仲舒治公羊春秋，始推阴阳，为儒者宗。”将阴阳五行学说纳入儒学体系是董仲舒的最大改造之处。阴阳五行学说的发展大致经历了三个阶段：一是春秋以前，徐复观先生说：“把阴阳由日影的明与暗的两面，进而视为气的两种不同性格，并将此两种不同性格之气，视为由天所发生的基本作用；再进一步，认为天地即系由此性格不同之阴阳二气所构成，这是长期演进的结果。大约在春秋中期，始见诸于周室主管天象之史……”[57]战国时的邹衍将之与五行的概念相结合，系统化出阴阳五行的学说。他“深观阴阳消息而作怪迁之变，《终始》、《大至》之篇十余万言。……弥引天地剖判以来，五德转移，治各有宜，而符应者兹”（《史记。孟子商鞅列传》）。邹衍的学说中有“五德终始”的内容。秦自称得“水德”，改河水名为“德水”，尚黑色（《史记。封禅书》）。汉初黄老道学吸收了这种阴阳五行的内容（见《吕氏春秋。十二纪》、《淮南子。时则训》）。而黄老道学中“阴阳刑德”的思想也是对邹衍学说的吸收与利用。这一学说对董仲舒的影响很大。他运用阴阳五行的概念对儒家学说进行解说。“阴阳五行”的概念既有对经验知识的科学概括，也有神秘的教义。[58]董仲舒排除了科学概括的方面，而取其抽象意义。阴阳五行概念的引入是使儒学具有宗教性或者说一定程度神学化的重要步骤。他将“三纲”与“阴阳”相附会，“君臣父子夫妇之义，皆驭诸阴阳之道”（《春秋繁露。基义》）董仲舒对儒学的改造是适应当时的客观形势进行的。经他改造后的儒学与孔子的学说已大不相同，具有了一定的宗教性因素。能够帮助汉武帝完成大一统帝国所需的精神统一与超验证明的作用。董仲舒的行为也许是无意识的，但更有可能的，他认识到大一统的不可避免以及大一统将权力集中于一人，将天下系于一人的危险，于是将帝国的思想纳入“天”的哲学，“天人感应”在支持王权的同时，也用“天之谴”，“天之威”的灾异来警醒君王，以行德政。另外，董仲舒虽然引入了阴阳五行的说法，但他着力的是用之于论证儒学的核心概念。他并没有将儒学变为一种神学，他只是在儒学的框架中揉入了神学的概念，以适应现世的需求，使儒学大行于天下，实现儒者追求的仁政。董仲舒的学说终于为汉武帝所接受。中国主流意识形态的第三次世俗化完成了。从此以后，入世的儒学就正式的占据了中国思想的正统地位，神学因素的糅合不可能改变儒学的世俗政治伦理学说的根本性质。中国主流意识形态的世俗化基质就此奠定了。