《暂行管理办法》在《暂行规定》的基础上进一步强化了诉讼费用的监督和检查制度。

　　这一时期诉讼费用管理制度最大的变化，就是诉讼费用坐收坐支制度向诉讼费用收支两条线制度的转变。这种变化是在国家财政管理制度改革的大背景下发生的。随着市场经济的发展和各方面改革的深入，政法部门将行政性收费和罚没收入的数字报财政，坐收坐支，实行“一条线”管理的制度暴露出很多弊端。“从法院系统看，一些法院不严格执行诉讼费收费和管理规定，随意提高收费标准、扩大收费范围、难度小的案件愿意受理，难度大的案件不愿意受理；诉讼标的大的案件抢着办，诉讼标的小的案件拖着办。有的接受当事人的赞助，对帮助过法院建设的当事人给予”关照“。而经济、民事案件审理和执行中与当事人同吃、同住、同行的”三同“行为，更是严重损害了审判机关的声望和信誉，对公正审判有百害而无一利。这些行为既是对司法权的扭曲，又是对财政权的冲击。”[ii] 司法的本质精神是公正，公正是司法的灵魂，法院是公正的殿堂，法官是公正的化身。法院的基本职责就是公正司法。如果不实行收支相分离的办法，而是采取坐收坐支诉讼费，弥补经费不足，必然造成法院利益与部门利益、地方利益交织在一起，导致利益驱动，损害司法正义。实行“收支两条线”管理，能够在一定程度上避免地方利益、部门利益对司法行为的干扰，从制度上为公正司法提供有利条件，维护国家法制的权威和尊严。

　　早在1993年，中共中央就做出行政性收费和罚没收入实行“收支两条线”的指示，但是因为没有具体的配套制度“收支一条线”的财务管理制度并没有大的改变。1998年是“收支两条线”制度的“贯彻落实年”。在一年内，财政部联合其他国家机关相继颁发了四个贯彻落实收支两条线的办法和通知，使“收支两条线”真正成为一项制度实践。在这四个办法和通知中，人民法院收取的诉讼费用被当作“行政性收费”纳入到“收支两条线”管理中。1998年6月8日，财政部颁发《公检法工商行政管理部门行政性收费收入和罚没收入监缴暂行办法》（财预字[1998]221号）。该办法就地方各级公安机关、检察机关、法院、工商行政管理部门应缴中央预算的行政性收费收入和罚没收入的解缴方式和财政监缴方式作出规定。按照该办法作为“行政性收费”收入的诉讼费用必须及时、足额上缴同级财政专户。　该办法对隐瞒、截留、转移、坐支行政性收费收入和罚没收入，以及利用行政性收费收入和罚没收入私设“小金库”和贪污私分、应收不收行政性收费收入和罚没收入的、收取行政性收费收入和罚没收入不使用合法票据的、拒不执行罚款决定与罚款收缴分离规定的、拒绝或阻碍财政部门监缴工作的行为的处罚措施作出规定。该办法对监缴工作责任制也作出了规定。 1998年6月19日，中共中央办公厅、国务院办公厅发出通知，转发《财政部、国家发展计划委员会、监察部、公安部、最高人民检察院、最高人民法院、国家工商行政管理局关于加强公检法工商部门行政性收费和罚没收入收支两条线管理工作的规定》。该规定就严格行政性收费的立项审批工作、加强票据管理，严格执行罚款决定与罚款收缴相分离的制度、加强行政性收费和罚没收入上缴国库和财政预算外资金专户的工作、建立行政性收费和罚没收入统计报表制度、完善预算核定办法、加强支出管理、加强监督检查工作几个方面的问题作出规定。法院的行政性收费项目是指诉讼费用。1998年10月9日，财政部颁发《关于认真做好公检法工商四部门“收支两条线”管理工作的通知》（财公字[1998]106号），强调了及时报送统计报表的重要性，同时指出严禁收支挂钩，及时核拨经费 ，要根据公、检、法和工商行政管理部门的经费开支范围及有关预算定额标准，按照预算内、外资金结合使用的原则，统一核定部门预算。严禁将预算安排与部门行政性收费和罚没收入的收入数额挂钩，或采取其他“明脱暗挂”的做法。对上述部门的经费申请，要在核定预算数额和上交财政专户总额以内，根据用款计划和预算外资金使用计划，及时予以审核拨付，不得无故拖延；该通知明确规定要进一步加大经费保障力度，为支持贫困地区公、检、法部门改善基础设施建设，中央财政当年增拨了部分专项经费。号召各地也应积极采取措施，筹措资金，配合中央专款，加大对贫困地区基础设施建设的投入力度。要结合本地实际，逐步建立起对贫困地区的经费保障机制，尤其要保证编制内人员经费的按时发放。