1998年12月3日，财政部联合国家计委、监察部、高法院、高检院、公安部、国家工商局发布《关于进一步加强落实“收支两条线”规定工作的通知》（财公字[1998]267号 ）。该通知确立了贯彻落实“收支两条线”的两个标准，一是法院、检察院、公安和工商行政管部门落实“收支两条线”规定的标准；[iii] 二是财政部门落实“收支两条线”规定的标准。[iv] 这一年，财政部、监察部、公安部、最高人民检察院、最高人民法院、国家工商行政管理局等六部门联合召开全国电视电话会议，对贯彻落实“收支两条线”工作进行专项部署。为了做好全国法院贯彻执行“收支两条线”规定的工作，最高人民法院印发了肖扬院长在落实“收支两条线”规定全国电视电话会议上的发言和《关于认真贯彻落实“收支两条线”规定的通知》，表明了我国法院实施“收支两条线”的决心，对具体实施办法作出部署。同时，为《人民法院诉讼费用管理办法》的出台埋下伏笔。

　　（三）1999年以来的诉讼费用管理制度

　　1、“收支两条线 ”的进一步落实

　　1996年制定《人民法院诉讼费用管理暂行办法》（以下简称1996《暂行办法》）时，“收支两条线”还处在政策意识的层面，实践中处于探索状态，尚未完全成为一项制度实践。为认真贯彻落实中央关于“收支两条线”管理的决定，改进和加强人民法院诉讼费用的管理，更好地促进法院业务建设，1999年7月22日，财政部和最高人民法院联合发布《人民法院诉讼费用管理办法》（公字[1999]406号 ）。该办法自1999年10月1日起施行。原《人民法院诉讼费用暂行管理办法》（财文字[1996]4号）和《关于最高人民法院集中部分诉讼费用的实施办法》（法字[1996]81号）同时废止，标志着我国诉讼费用管理制度又进入一个新的阶段。1999年《人民法院诉讼费用管理办法》（以下简称1999《办法》）在1996年人民法院诉讼费用管理办法的基础上，进一步落实、具化了“收支两条线”制度。该办法明确规定，各级人民法院依法收取的诉讼费用，属于国家财政性资金，诉讼收费制度是我国的一项重要司法制度。在诉讼费用的收取、诉讼费用的管理和使用、诉讼费用的监督和检查方面都有新的发展。

　　第一，诉讼费用收取制度

　　按1996《人民法院诉讼费用管理暂行办法》（以下简称1996《暂行办法》）的规定，审判业务部门确定收费的适用标准和具体数额后，由法院财务部门统一收取。1999《办法》明确规定诉讼费用的收取实行收缴分离。人民法院按照受理案件适用的诉讼费用标准确定具体数额后，以书面形式通知当事人缴纳诉讼费用；当事人凭人民法院开具的交费通知到指定银行交费，并以银行开具的收据作为已预交诉讼费用的凭据，到人民法院换领诉讼费用专用票据。按1996《暂行办法》的规定，人民法庭收取诉讼费用指定专人负责，定期将收取的诉讼费用和收费票据一并上交基层法院即可。1999《办法》规定，人民法庭收取诉讼费用，也要实行收缴分离。个别不便由指定银行收取诉讼费用的特殊地区，可由人民法庭直接代收，但需经省级财政部门和高级人民法院批准。

　　按1996《暂行办法》的规定，地方各级法院的收费专用票据由各省、自治区、直辖市财政部门会同各高级人民法院，对最高人民法院的收费专用票据由财政部印制发放部门未作出规定。1999《办法》严格了票据管理，诉讼费用的专用票据包括预收、退费、结算三类，实行全国统一式样。地方各级法院的收费专用票据由各省、自治区、直辖市财政部门统一印制、编号后，由地方各级财政部门向同级人民法院发放；最高人民法院的收费专用票据由财政部印制发放。

　　第二，诉讼费用的管理和使用制度

　　按1996《暂行办法》的规定，诉讼费用要纳入地方各级人民法院的单位预算，统一核算和使用管理。地方各级法院的收取的诉讼费用扣除该案必要的办案费用支出后，应按期将结余上交同级财政专户。很明显，“先扣后缴”的办法，还不算完全意义上的收支脱钩。1999《办法》规定，各级人民法院的诉讼费用全额纳入财政专户，严格实行“收支两条线”管理。地方各级人民法院的诉讼费用由省级财政专户集中管理，实行分级使用与省级统筹相结合的方式；地方各级人民法院的诉讼费用，要由当事人直接全额交入省级财政在当地指定银行开设的省级财政专户分户，由省级财政专户集中管理；省级财政专户集中的地方各级人民法院诉讼费用，由代理省级财政专户分户的银行，按规定比例就地及时分别划支地方各级人民法院所在的同级财政专户和省级财政专户；地方各级人民法院诉讼费收入分级使用和省级统筹的具体比例，由各省级财政部门会同高级人民法院根据本地实际情况确定，其中省级统筹的比例不得高子各级地方法院所收取诉讼费用的30％；省级统筹的诉讼费用由高级人民法院提出使用计划，经省级财政部门审核批准后共同下达执行。资金通过财政专户核拨，用于统一购置辖区内法院系统必需的业务设备和补助贫困地区法院业务经费，不得用于高级法院本身的支出；纳入地方各级财政专户管理的诉讼费用，由各级财政部门按审批的诉讼费用收支计划，作为“业务补助经费”按月核拨给同级人民法院使用；最高人民法院通过指定银行依法收取的诉讼费用直接全额划入中央财政专户。财政部根据审批的收支计划和诉讼费用缴入财政专户的进度，作为“业务补助经费”定期核拨给最高人民法院使用；诉讼费用的收取和划拨事宜委托国有商业银行办理。