同时承认大学自治制度之目的，不能脱离对学术自由之保障，毋宁说大学自治相对于保障学术自由之目的而言，系居于手段之地位[5]，且大学自治自中世纪以来便有对抗来自「学术社群」（academic community）以外势力（国家权力、教会势力、企业之财力）之不当干预之历史性格，因此，私立大学董事会若非基于学术研究、教师教学与学生学习之目的及需要，而以其它目的之考量，干预或变更大学内部基于大学自治之自主决定时，亦有侵害大学自治之可能。因此，私立大学之自治权不但对于国家或其它私人可以主张，对于董事会及其成员，大学内部之校长、教师、学生亦应可主张相对于董事会之自治来对抗其不当之干预。换言之，在私立大学中，亦应承认相对于董事会（经营者）之自治。

　　此外，大学享有自治权并非意味大学之组织及运作完全不受限制，多数学者皆认为大学自治仍应受到一定之限制，毕竟大学自治是手段，学术自由之保障才是目的，国家为了保障教师、学生之学术自由，履行其对学术自由基本权利之「保护义务」，使其免于学术以外其它外在势力之干预，同时避免大学自治成为封闭、反动、自甘堕落与学阀把持的学术孤岛，仍必须对大学自治作若干之限制。但对大学自治之限制，基于大学自治为学术自由保障之核心要素，当然必须符合宪法第23条之公益原则、法律保留原则、授权明确性原则及比例原则之要求[6].然而，私立大学与公立大学不同，除了非由各级政府所设立，不依靠政府编列预算支应，而系依靠私人捐资及学费收入等维持运作外，并应受到宪法私人兴学自由之保障，享有经营管理、形成校风及选择教师、学生之自由等，自然对于私立大学之监督不应较公立大学为严格，甚至应该容许私立大学享有较公立大学更广泛的自治范围与自主空间，才能真正符合宪法保障私立大学学术自由、大学自治以及私人兴学自由之旨趣。

　　（二）私人兴学自由

　　我国宪法第11条所谓的「讲学自由」其内容，除应包括「学术自由」之保障外[7]，多数学者亦认为更应该包括「私人设校讲学之自由」[8]（亦即「私人兴学之自由」）在内。[9]因为私人兴学系我国悠久之传统[10]，也是台湾历史上早已存在且延续至今之教育制度中的重要部分[11].并且，我国宪法第162条规定：「全国公私立文化教育机关，依法律受国家之监督。」明白表示我国教育文化机构采公、私并存之二元型教育制度，国家并无垄断教育事务之权力。并且，宪法第167条第1项第1款规定，国家对于国内私人经营之教育事业成绩优良者，应予奖励或补助。此不但是国家之义务，也是宪法对立法者之「宪法委托」（Verfassungsauftrag）[12] ，而非仅是不具拘束力的「方针规定」而已。同时，私人兴学在现代国家中所被期待的角色是替自由、民主及多元化社会中的学校制度创造一个多样性及容许自由选择的基础[13]，藉由提供政府所设一般学校所不包括的特殊形态之教育或提供各种类型及型态的学校，来丰富国家的学校体系。[14]因此，并无否认宪法保障私人兴学自由之理。

　　再者，我国宪法上之讲学自由除包括对私人设校讲学之兴学自由的保障外，亦具有「制度性保障」之功能，而「私立学校制度」便是宪法上讲学自由除了「大学自治」之外的另一种「制度性保障」（Einrichtungsgarantie）[15]，立法者不但不得制定法律以侵害此一制度之本质内容（Wesengehalt）[16]，并且基于国家之基本权利保护义务[17]，可以导出国家的「促进义务」（F？rderungspflicht）与「保护义务」（staatliche Schutzpflicht）[18]立法者有义务立法给予私立学校奖励与补助，并保障其得以存在。

　　至于私人兴学自由之保障内容，参照各国宪法之规定与学说之见解，应至少包括：1.设立私立学校之自由（即设校自由）：此应包括能合法设立而不被取缔、禁止；2.经营管理私立学校之自由（即办学自由）：此又应包括：（1）外部经营形态之形成自由（Gestaltung des ？u？eren Schulbetriebs），即有关学校组织、学制选择、课程规划与设计之自由；（2）内部经营方式之形成自由（Gestaltung des inneren Schulbetriebs），即教学计划之拟订，教学目标、方法、教材之选择，以及教科书之选用等自由；（3）实践建学精神及形成独自学风的自由，即落实自己特殊的办学宗旨，并据此发展、形成独立的学校风格或文化之自由；（4）选择符合自己学风及办学理念之教师的自由（freier Lehrerwahl），即基于落实办学宗旨形成独立的学校风格或文化之目的，可以自由选择认同并能协助其实现的教师；（5）选择符合自己学风及办学理念之学生的自由（freier Schulerwahl），即选择其所希望培育且认同该校办学宗旨及校风之学生的自由。