市场经济强调市场机制在市场中的导向作用，但市场具有盲目性的一面，因此必须强调行政监管的作用。但是，必须对计划经济和市场经济条件下行政监管制度的差异有一个清楚的认识和把握。在此基础上才能改变传统的计划经济条件下的行政命令加控制的环境行政监管模式，强化市场机制的作用，调整环境行政监管的领域、方式与力度，正确划分环境与资源行政管理职权，理顺环境、建设、海洋、海事、林业、渔政、国土等部门的业务关系，最终实现环境公权与环境公权、环境公益与环境私益、环境公权与环境私权的全面平衡。

　　主要的变革措施是：建立我国的环境知识产权保护、环境风险预防和评估的法律制度；建立环境技术法规、环境标准及合格评定程序制度，加强外商投资、生产工艺、设备、技术与产品（包括包装）进出口的环境标准化和卫生管理，创设我国高标准的“绿色门槛”，将国外不合格的产品挡在国门之外（根据新华网深圳3月12日电，深圳检验检疫局日前首次从印尼进口的活濑尿虾中检出氯霉素超标毒虾），并防止我国的可持续性因素以“逆差”的形式流向发达国家；全面审查现有的环境补贴（如信贷、奖励、税收优惠、环境损害补贴、政府采购支持）、价格支持、税收减免、押金、保证金等环境行政经济刺激制度，使不同所有制与不同国别的贸易主体享受平等的国民待遇；在污染物的总量与浓度控制相结合制度的基础上强化许可证管理制度，并针对新源与既存源以及不同产业制定环境标准差别制度；改革环境事故的应急措施制度、环境监测制度，建立环境行政管理编制制度，使环境行政管理队伍的建设符合高效与低成本维持的行政管理要求；协调我国的环境信息通报和公报发布制度，在与WTO有关的环境信息（如海岸工程、陆源污染等方面的信息）发布方面，由环境保护行政主管部门集中统一收集、整理之后，再提供给中国政府世贸组织通报咨询局。

　　3.完善与创新环境保护法律权利制度体系

　　计划经济强调以环境义务为本位，而市场经济强调以环境权利为本位。因此全方位地保证国内外投资者和个人的合法环境权利是市场经济的本质要求。

　　主要的变革措施是：在宪法、环境保护基本法、环境保护单行法与环境规章的不同层次上确立环境权的公权与私权的双重属性，并使之成为一个可以操作的权利体系；加强环境权制度与传统的部门法权制度（如人身权、物权与债权制度）的沟通，使环境权的保护要求在不同的部门法中都得到体现，实现其他部门法权制度的“绿化”；加快环境政治与社会参与权、环境保护的公众参与和环境信息权等环境权利制度的立法细化工作，以保障公民的环境民主和社会权利。

　　4.完善与创新环境保护法律义务制度体系

　　正当履行环境保护的义务是保护和改善环境、促进国际贸易和环境保护可持续发展的需要，但是环境义务的履行必须坚持必要性、减少义务履行成本的原则，防止构成对国际与国内贸易的变相限制和不合理的差别待遇，促进国际与国内贸易的非扭曲性发展。

　　主要的变革措施是：建立环境成本核算制度，在此基础上改革环境税费制度，使排污费高于污染治理成本，从而真正实现污染者付费的原则；把“三同时”制度和污染集中处理或污染物的委托处理制度结合起来，使污染集中处理或污染物委托处理情况成为“三同时”制度的实施例外；明确限期治理制度的适用条件和期限，坚持达标排放合法、超标排污违法并处罚的制度；改革环境影响评价制度，设立外国企业进行环境影响评价的资格证书与执业管理制度，并使生产企业的环境影响评价制度与区域开发的环境影响评价制度及污染集中处理或委托处理企业的环境影响评价结合起来。

　　5.完善与创新环境保护市场准入与市场运行制度体系