即使这样，在某些情况下，同一优先层次上具有优先管辖权的国家会不只一个，所以管辖顺序要进一步确定。这可以认为是决定优先权的第二阶段。在作者看来，前一个阶段的出发点应当放在对国家主权的充分尊重上，因为这不仅是当前国际生活的基石，也是国际刑事立法和司法的前提和基础。从比较的角度，属地管辖权被普遍认为是国家主权的第一属性，而属人管辖权和保护管辖权则仅仅是其第二属性。因此，正确的结论应当是，属地原则优先于属人原则和保护原则。彼此相比较，属人原则是国家主权的积极方面，而保护原则是国家主权的消极方面，因为前者体现了国家的管理权，而后者体现的是国家的防卫权。所以，属人原则应当优先于保护原则。上述三种管辖权与国家主权具有内在的相关性当属无疑，而普遍管辖权与国家主权仅仅保持着外在的联系。这就是把普遍原则放在国际犯罪国内管辖序列的最后位置的根本理由。比较而言，第二阶段的出发点应当有利于国际刑事案件的处理。这是在充分尊重国家主权的前提下的进一步考量。在行使属地管辖权方面，犯罪地国，如果它也是罪犯的国籍国，应当具有对于仅是犯罪地国的国家的优先管辖权，条件是两个犯罪地可以同等看待；主要犯罪地国应当具有对于仅仅是次要犯罪地国的国家的优先管辖权；主要犯罪地国但非罪犯国籍国的国家，应当具有对于次要犯罪地国的国家的优先管辖权，即使后者同时是罪犯国籍国。至于属人管辖权，罪犯的国籍国应当行使对于仅仅是罪犯的永久居所地的国家的优先管辖权；主犯的国籍国或者永久居所地国应当行使对于从犯的国籍国或者永久居所地国的优先管辖权。至于保护原则，主要被害国家或者主要被害人的国籍国，应当行使对于次要被害国家或者次要被害人的国籍国的优先管辖权。当然，限于篇幅，本文不可能讨论关涉上述优先原则的所有细节；同时，上述优先原则不是没有例外，尽管对这个优先原则的一切限制都应当是出于对人权尊重的关切。例如，应当被引渡请求所遵守的公认的法定条件之一就是引渡请求所涉及的对罪犯的惩罚应当不低于一定的刑期。欧洲引渡公约第2条以及中国引渡法第7条都是这样做的。

　　为了确保上述优先原则的落实，国际刑法应当明确地将在其领土上发现国际罪犯的国家置于将罪犯引渡给对该罪犯具有优先管辖权的引渡请求国的义务之下。另外，现行引渡原则应当进行改革。也就是说，国际犯罪被告人的引渡应当有别于国内犯罪被告人的引渡。就前者而言，本国公民不引渡的传统原则不应再适用下去。

　　通过国内刑法实施国际刑法规范，牵涉国际刑法与国内刑法的关系问题，这个问题在解决国际犯罪国内管辖顺序时是不可回避的。中国宪法没有对此作出任何规定，但是在中国普遍认为，国际法的适用优先于国内法，正如中国的一些民商法所规定的。国务院法制局前局长在向全国人大常委会解释海商法草案时，指出中国对上述关系的基本准则是国际法优先适用。中国国际公法学家所倡导的并且在中国私法领域所实践的这一准则，并未得到中国刑法学界的普遍认同。我们认为，国际刑法规范在实施前，应当以通过专门国内立法的方式进一步明确化和具体化，因为国际刑法的现行规范仅仅提供了国际犯罪的构成要件和这些犯罪的应受惩罚性，而没有说明各个犯罪的刑事责任的标准。如果这些规范事先不被转化为国内法，不仅中国刑法典第3条规定的罪刑法定原则，而且该法典第5条所规定的罪责刑相适应原则都将受到严重损害。另一个理由是国际刑法对犯罪构成要件的这些规定本身对于准确解释和一致适用来说也不是足够明确的，因此有必要把它们通过国内法转化为与国内语言文字使用习惯和规则相符合的模式。不仅如此，在习惯国际法中，某些国际犯罪的概念与国内刑法中的一般原则相去甚远，从而需要国内立法的转化。除此之外，对于某些国际犯罪的定义，特别是侵略罪定义，国际社会还没有达成任何一致，所以如果在缺乏明确定义的情况下国际刑法被直接适用，那么国内范围内的法治和国际范围内的法制化都会遭到破坏。就中国刑事司法而言，国际公约从来没有也不会直接在判决书中被援引。