第二，现行审判管辖制度的弊端及其完善。

　　审判管辖可以根据不同标准分为地域管辖、级别管辖等等，根据刑事案件的不同性质、可能判处的刑罚的严厉程度又可以由不同级别的法院管辖。就目前来讲，我国还没有成立专门的环境法院的迹象，只能在现有的司法体制内查办环境犯罪案件，因此当前不存在环境犯罪案件的部门管辖问题。现在所要讨论的主要是级别管辖问题。我国现行《刑事诉讼法》第十九条规定基层人民法院管辖第一审普通刑事案件;第二十条规定中级人民法院管辖危害国家安全案件、可能判处无期徒刑、死刑的普通刑事案件和外国人犯罪的刑事案件;第二十一条规定高级人民法院管辖全省(自治区、直辖市)性的一审重大刑事案件。《最高人民法院关于执行〈中国人民共和国刑事诉讼法〉若干问题的解释》第十六条规定基层人民法院对于认为案情重大、复杂等情况的第一审刑事案件，经合议庭报请院长决定后，可请求移送中级人民法院审判;中级人民法院可以同意移送，也可以不同意移送。但是，如果根据现行的法律规定确定环境犯罪案件的级别管辖，环境犯罪案件就有可能难以得到有效的追究。这是由于，环境犯罪具有不同于普通刑事犯罪的诸多特质，如潜在危险性、因果关系难以判断、危害过程复杂等，因此，办理环境刑事案件需要相当的环境保护专业知识、必要的鉴定设备、专门的司法人员。但是现实的情况是，几乎所有的环境犯罪案件均由基层人民法院按照普通刑事案件审判。而我国目前的情况是，在公安、检察、审判人员中，真正了解环保专业知识的人并不多，越是级别低的司法机关，情况就越严重。这种状况对环境犯罪的追究产生了消极的影响。[ii][②]

　　鉴于我国目前司法队伍的现实状况及以往对案件管辖的分工习惯，有必要把专业性较强的环境犯罪案件交由级别较高的法院管辖。笔者认为刑事诉讼法关于环境刑事案件级别管辖可作出如下规定：基层人民法院审理举动犯、危险犯和犯罪事实较为清楚的实害犯;中级人民法院审理具有重大危害后果的实害犯和虽无重大危害但犯罪事实较为复杂的环境犯罪案件;高级人民法院审理本辖区内犯罪事实特别复杂的案件和上诉、抗诉案件。

　　第三，现行起诉权限分配制度的弊端及其完善。

　　根据我国刑事诉讼法的规定，公诉案件的起诉权属于人民检察院;告诉乃论案件、被害人有证据证明的轻微刑事案件、公安、检察机关应立案而不立案的案件属于自诉案件，由被害人提起自诉。其它机关和个人都无权提起诉讼。但是，鉴于许多环境犯罪的高技术含量，不应把环境保护行政管理机关排除在起诉权之外。我国的环境保护机关既是政府的职能部门，又是环境保护方面的专门机构，其专业技术水平是一般公安、检察机关所不能望其项背的。[iii][③]但是根据现行刑事诉讼法，环保机关不能直接提起诉讼，而只能向公安、司法机关举报，最终决定是否立案的却是不具备专业知识的公安机关，如果这样，在立案过程中难免不会出偏差。