但是，《执行决议》的法律地位在2005年年底发生了变化，WTO总理事会在第六次部长级会议（香港会议）召开前一星期，匆匆在日内瓦通过了对TRIPS协定进行修改的报告，将2003年8月30日的《执行决议》由临时决议变成永久性协议，日后对TRIPS协定的修改需经WTO三分之二成员的批准，并在2007年12月1日之前完成。在修改生效前，有关强制许可药品提供的问题将仍适用豁免制度。[131] WTO把实施专利药品强制许可制度文件以永久修正形式纳入TRIPS的决定，以帮助发展中成员和最不发达成员解决公共健康问题。这是在香港会议前，发达国家对最不发达成员及发展中成员释出的最大善意，也是WTO首次对其核心协议进行修正。　

(四) 对《多哈宣言第六段的执行决议》的各方反应与批评意见　

　　对《执行决议》的发布，发达国家提出了一些批评意见，他们认为该决议忽视了发达国家的利益。[132] 发达国家及其药品生产商担心，如果进口仿制药品不被完全禁止，这些药品很可能回到这些发达国家的市场，使制药公司利润受到影响。[133] 出于这个考虑，执行决议也包含了一些条款来防止贸易转移。[134] 而写入这些条款，对发展中国家来说也有积极的意义，因为只有这样，发达国家的制药公司对该决议的反对意见就会较少一些，也便于以后对TRIPS第31条进行修改。[135] 　

　　而发展中国家对《执行决议》的影响而引发的讨论要更加的激烈。一些国家认为该决议虽然意图帮助发展中国家克服公共健康危机，但是其可行性却值得怀疑。他们认为，《执行决议》在程序上过于繁琐，给发展中国家利用该条款设置了重重障碍。[136] 其实，作者认为，《执行决议》中的程序条款是用来防止药品贸易中的贸易转移的，这种转移对发展中国家也是有害的，因为这会使得本应用于发展中国家患者的药品转移到其他的国家。　

　　对于与《执行决议》一同发布的总理事会主席声明[137] ，也有一些批评意见。[138] 在主席声明中提到：“由该决议所规定的体制，应该由各国善意的执行，其目的只为保障公共健康，而不能被用做其他工业、商业政策的目的”。[139] 对此持批评意见的人认为，这种声明非常之模糊，并且可能导致发展中国家不愿意使用在该决议建立的体系内使用强制许可。他们认为，如果该声明意味着盈利性生产商和销售商不能以任何方式参与到仿制药品的生产过程中来的话，很显然是不能满足整个市场的需要的，因为光依靠慈善机构和非盈利组织提供世界范围内的对艾滋病等危害公共健康的疾病的药品，是非常不现实的。[140] 但是事实上，该决议对发展中国家的帮助也是多方面的，因为有制造仿制药品能力的发展中国家也可以通过将仿制药品出口到没有生产能力的国家来创造利润。而主席声明是否会对《执行决议》产生负面影响，其实也取决于成员国如何对其解释，或者该声明的内容会不会以修订的形式加入到TRIPS当中。