关于修改内容，有的成员主张仅将《执行决议》作为对TRIPS 协议修改的内容，不将《总理事会主席声明》纳入修改范围。而简要分析《声明》，我们可以看到它所涉及的技术性问题没有超过《决定》涉及的范围，在《执行决定》中均有反映，只是程度不同，粗细不一，没有超越《执行决定》的内容，因此它实质上是对诸多问题的重申，系为美国人改变其原有立场的台阶，因此纳入TRIPS的意义并不是很大。[181] 从现在情况看，主席声明纳入TRIPS的可能性并不大。关于修改形式，有的成员主张以对 TRIPS 协议31条增加脚注的方式进行，有的建议以议定书或附录的方式，有的建议直接对 TRIPS 协议条文进行修改[182] 。关于修改完成期限，当时有的成员建议仍应在原定的 2004 年 6 月底前完成。有的成员则认为需要一个更长的过程。目前各方已经同意推迟到 2005 年 3 月底。具体来讲，美国、欧盟、加拿大等发达成员仍主张将上述两个文件一并纳入修改范围，并以第31 条脚注的方式进行修改。而非洲集团、印度、印尼、泰国、巴西、菲律宾、孟加拉、马来西亚等坚持：有关修改 TRIPS 协议的内容，只能将决议纳入修改的范围，不同意将《总理事会主席声明》纳入；关于修改形式，除了美国希望增加脚注之外，其他国家对脚注的法律地位和法律效力表示质疑，要求采取对 TRIPS 条文修改的方式来完成具体工作。　

　　另外，对强制许可的补偿标准问题，更是一个牵涉到实施国和专利权所有人切身利益的敏感问题，也极易引发争端。根据TRIPS协议第31条h款规定，必须在考虑强制许可的“经济价值的基础上”给予专利权人“充分的补偿”，而且补偿额的确定必须经过司法审查或者其他不同于强制许可签发机构的上一级机构的独立审查。这里，“许可的经济价值”和“充分的补偿”如何衡量，本身是含糊和不确定的，有待解释。但仅从字面上来看TRIPS协议规定的补偿标准己超过了发展中国家的普遍标准。发展中国家的主张是由成员国根据强制许可的情况给予专利权人公平合理的(fair and equitable)补偿，通常在有关专利产品净销售收入的5%左右。[183] 而发达国家专利法规定的专利强制许可的补偿标准往往较高，通常比照专利权人在自愿许可情况下的专利使用费。如果采用发达国家的补偿标准，药品的强制许可对发展中国家来说实质上成为一纸空文。因此，为了纠正TRIPS协议在专利保护上的不平衡，应允许成员国制定灵活的补偿标准指南[184] ，具体数额根据强制许可所涉及的专利产品的先进程度、R&D投资等因素确定，此外，确定强制许可补偿额的程序也应相应简化。