（五）相对不起诉适用程序的繁琐制约了其适用。

　　目前司法实践中各地在适用相对不起诉时一般都要经过主诉检察官联席会议、检察委员会讨论、不起诉听证、公开宣布等较为繁琐的程序，如果属于自侦案件还需要进入人民监督员审查程序，不起诉适用后还需要进行多次上级院的复查和复核，这就使得不起诉案件的工作程序要比提起公诉复杂得多，同时由于相对不起诉案件在案件处理上具有的特殊模糊性（即轻罪判决与不起诉的模糊性），部分承办人员出于办案效率和自我保护（防止陷入司法不公）的考虑，将大量的轻微刑事案件纳入公诉程序，刻意回避不起诉的适用，这一现象在某种程度上也影响了不起诉在实践中的运用效果。

　　（六）相对不起诉效力的不确定性影响了其效果。

　　根据刑事诉讼法的相关规定，检察机关发现不起诉决定确有错误的，应当撤销不起诉，提起公诉。这一规定在某种程度上削弱了不起诉决定的法定效力，增加了不起诉决定的不确定性，有违刑事司法处理的“一事不再理”原则。在笔者看来，撤销不起诉这一规定对于绝对不起诉与存疑不起诉而言从维护实体公正的角度来说是可以适用的，但对于相对不起诉则要作具体分析。由于相对不起诉案件在处理时并不存在事实不清、证据不足的问题，检察机关一般不应出于政策或其他因素的考虑而将之前的相对不起诉决定撤销，只有在发现漏罪的情形下才能撤销原相对不起诉决定提起公诉。

　　二、相对不起诉适用中存在的司法理念冲突问题

　　在目前相对不起诉的司法适用存在的缺陷中，除了上述实务操作上的一些问题外，更重要的是我们在当前的实践中存在的一些司法理念上的冲突，这些司法理念上的冲突在某种程度上同样影响了相对不起诉的合理适用，概括起来主要表现为以下三个方面的问题：

　　（一）相对不起诉作为司法权行使时刚性与裁量性的冲突。

　　由于我国法律仅对检察机关相对不起诉的行使作出了一些原则性的规定，无论是立法机关还是检察机关均未对相对不起诉适用的具体案件类型、适用时的比重等作出更为细致的规定，相对不起诉作为司法权的行使虽然具备了法律上的合理性，但对于这种司法权具体行使中的裁量性和刚性关系却很少有人进行认真研究。虽然从立法表述上看检察机关的不起诉权的行使与法院的审判权一样作为司法权在行使时都必须具备一定的自由裁量范围，但由于我国检察机关一直以来强调垂直领导，忽视检察官的司法独立性，检察权在多数时候以一种职权法定的模式运行，特别是在96年刑事诉讼法修改中检察机关原有的免予起诉权被取消后，不少人包括检察人员自身在看待不起诉权行使时，往往不能正确赋予其合理的自由裁量幅度，而过分强调这一权力行使时的法定刚性。随着近年来我国经济的高速发展，社会已经进入人民内部矛盾的高发期，刑事案件数量每年大量上升，如不注重刑事案件的分流处理，仅仅依靠司法机关现有的人力、物力，将难以适应形势发展的要求，在这种情况下加强对检察机关不起诉制度的完善是必要的，但绝不能因噎废食而人为地控制相对不起诉的适用，忽视诉讼制度本身所具有的自由裁量性，导致相对不起诉在轻刑案件处理中作用的虚置。