不少排污单位在申报登记之前已经在生产，这在浙江温州、嘉兴的乡镇企业最为明显。当然，如果排污单位超浓度或超总量排放，就面临着罚款和限期治理的处罚。国务院发布的《水污染防治法实施细则》（2000年）规定，县级以上地方政府环境保护部门根据总量控制实施方案，审核本行政区内向该水体排污的单位的重点污染物排放量，对不超过排放总量控制指标的，发给排放许可证；对超过排放总量控制指标的，限期治理，限期治理期间，发给临时排放许可证。在这里，已经将排放许可证制度与限期治理制度相联结。只有符合达标排放的排污单位，才能领取到正式排放许可证，而没有达标的排污单位处于限期治理阶段，只能领取临时排放许可证。

　　（三）在侧重点的选择上，饮用水源的强管制与一般水源的软约束

　　一般来说，一旦涉及到当地饮用水源的污染问题，各地都会采取强管制的方式，在城市地区，重点保护的是饮用水源。上海市政府对黄浦江上游水源保护十分重视，对水源保护区的198家重点企业全部实施了排放许可证制度。针对饮用水源污染问题，有的地区还出台了局部性水域的地方性法规。如1990年上海市通过了《黄浦江上游水源保护条例》。1993年2月杭州市政府发布《杭州市苕溪水域污染防治管理规定》，1996年杭州市人大常委会通过，浙江省人大常委会批准通过《杭州市苕溪水域水污染防治管理条例》，规定：“污染物排放管理实行污染物排放总量控制制度。……环境保护部门根据苕溪水域地面水环境质量标准和污染物排放总量控制限值对排污单位核发排污控制证，排污控制证由杭州市环境保护部门统一制定。……对责令限期治理的，在限期治理期间必须严格按照排污控制证规定的要求排污；对责令停产治理的，在治理期间不得排污；对责令关闭的，应停止生产，吊销排污控制证。”在这里充分反映出对水源保护区实行的是强制性的管制，对排污单位的进入作出了禁止性限制，而对一般水源的管理，实行的是诱导性的管制，大都以收缴排污费和实施污水处理为主，属于软约束。这两种许可证在实际上是有严格区别的。前者管理力度强，涉及到居民的生活用水和社会的稳定，行政措施到位率高。而后者则没有这种要求，往往使管理流于形式。

　　在讨论排放许可证制度时，切不可忘记现实生活的残酷无情。在对浙江省有关市县调查后，人们发现许可证制度事实上处于“名存实亡”的境地。

　　一是严格按规章制度发放许可证的市县比例不高。在调查的八个市县中，就有五个没有按规范操作，见表一。

　　浙江省按规范发放许可证的有关市县分类（表一）

    -----------------------------------------------------------
　　| 按规范发放许可证的市县 |        温州、杭州、宁波        |
    |------------------------|--------------------------------|
　　|不按规范发放许可证的市县| 金华、嘉兴、海宁、瑞安、平阳[5]|
    -----------------------------------------------------------

　　二是发放许可证的数字与实际排污企业数差别太大。温州市（不包括区，只统计市本级）96年开始发放污染物许可证，97年到99年的统计数字包括正式许可证和临时许可证，共316个。据有关领导直观的估计，领取许可证的排污单位仅占排污单位总数的20%左右。那就意味着许多排污单位根本就没有到环保局领取许可证，但仍照样经营与生产。

　　三是有的市县根本就没有真正落实过这项制度。瑞安市从96年开始实施许可证制度，但只发放不超过40份的临时许可证，从97年到2000年间基本上没有发放过许可证。