当然，得出许可证制度“名存实亡”结论的更为充足的一个理由，那就是，现行的排放许可证制度不是真正意义上的排放许可证制度。排放许可证制度在实施过程中出现了制度变迁，使原先设计的制度安排发生重大的变化。

　　行政许可是指行政主体根据行政相对人的申请，经审查依法赋予行政相对人从事一般法律所禁止的权利和资格的行为。按照行政法的基本原理，结合排放许可证制度的实际状况，人们可以得出以下六个方面的判断：

　　1、许可应该是依申请事先批准，而不是事后核查。现行的许可证制度仅仅是一种事后同意，没有事先的批准。排污单位在水污染物排放之前根本就没有向环境保护部门提出申请，而只是在事中或事后才由环境保护部门消极被动地去监督，这在农村地区水污染物排放管理中尤为明显。

　　2、许可是一种赋予权利的活动，应该赋予相应的权利。但现行的许可制度没有做到这一点，排污单位没有合法的排污权。在实际过程中，国家只是默认这种权利而已。

　　3、许可应该是赋予的特殊性权利，因此，发放的许可证应该受到严格的数量限制。目前，环保部门所发放的排污许可证不受数量限制。

　　4、许可应该建立在审查手段确定这一前提下，而不能建立在不确定的结果基础上。从上述得知，排放许可证制度基本步骤有四：一是排污单位申报；二是当地环境保护部门审核批准；三是发放排放许可证；四是监督管理。其中第二个步骤审核批准的依据是什么，这很重要。排放许可证制度刚推行时，审核的依据是浓度控制，后改为总量控制。（农村地区仍是浓度控制）。但现在的问题是，在农村无法做到总量控制，只能根据浓度控制，即使在城市地区，其总量控制也难以确定每个排污单位到底排放了多少污水。因为现行的监测手段做不到这一点。这样，发放的许可证实际上是建立在审查手段不确定的基础上进行的。

　　5、许可是一种审批行为，因此，它会产生批准或不批准两种结果。作为行政许可，它以“禁止义务”的存在为前提。义务分两种：作为义务与不作为义务。禁止义务属于不作为义务。行政许可不是对一般义务的免除，而是对禁止义务的免除。如果没有禁止义务，也就无所谓行政许可。排放许可证应该以禁止一般单位排污为前提，如果只存在批准，不存在不批准，事实上就与政府确立许可证制度的本义相违背。

　　6、许可是一种要式行政行为，一般要求许可证有统一的格式，而排放许可证格式不统一。尽管国家环保局规定水污染排放许可证要有统一的格式，国家环保局也提供过统一的排放许可证的书面格式，但没有要求统一印制，结果，各地按照自己的理解制作许可证格式。尽管许可证所反映的具体内容大同小异，但名称上就存在着不同。有的是许可证，有的是注册证，如浙江金华和嘉兴。

　　考虑到排放许可证制度在实施过程中的困难，无法真正按照许可证的要求来推行，所以，有关市县（如金华、嘉兴，包括下属县）在放弃排放许可证制度的同时，就发明了另外一种制度形式，那就是注册证制度。

　　注册证制度的基本内容如下：1、注册证制度规定，排污单位排污不需要由环保部门批准或许可，排污单位只是向环保部门注册，然后就表示排污单位的合法存在。这种注册实际上就是行政确认，而不是许可。许可是环保部门对排污单位申请的事先批准，而确认是事后同意。当然，其排污费、超标超量排放费仍要按规定交纳。2、由于环保部门对排污单位排放污水总量难以核定，因此，采取排污单位自报或环保部门根据排污单位用水量或用电量来折算出一个概率值。对于浓度控制的排污单位，浓度的比例由排污单位自测或环保部门抽检所获得的数据确定。3、根据排污单位申请或备案，环保部门就发给注册证，不受数量上的限制。也就是说，任何排污单位都可以拿到注册证。