行政处罚自由裁量权与其它行政权一样，在其运行过程中，不可避免地产生两方面的作用。一方面是积极地推动作用，即行政处罚自由裁量权的运行起到了维护公共利益，维持公共秩序，提高行政效率，满足社会需要，实现国家权能的作用；另一方面是对行政相对人的权益可能造成侵害，从而对行政法治构成威胁。其集中表现是滥用行政处罚自由裁量权，在实践中具体表现形式为：不正确的目的。行政机关违背授权法的目的行使自由裁量权的违法。行政机关工作人员出于个人目的或小团体利益考虑，滥用行政处罚权；不相关的考虑。行政机关考虑不应考虑的因素或不考虑应该考虑的因素而行使自由裁量权的行为；违反客观性（排除主观性）。行政机关及其工作人员在行使自由裁量权权时参与了不正当的主观因素；显失公正。具体行政处罚对相对人的权利义务所发生的影响明显不公平；违反法定程序。行政机关在行使自由裁量权作出处罚决定时，不按法定程序进行。
滥用行政处罚自由裁量权违背了法律授权的目的和意愿，干扰和破坏了法制秩序，其后果严重，危害性大。行政处罚自由裁量权的滥用，可能带来的负面效应主要有：一是不利于社会秩序的稳定。因为行政主体滥用行政处罚自由裁量权，处理问题随意性很大，畸轻畸重，反复无常，不同情况相同对待，相同情况不同对待，引起群众怀疑、不信任，产生对立情绪，不配合行政主体的管理，行政违法行为增多，导致社会秩序的不稳定；二是助长特权思想，滋生腐败，影响党和政府的形象。历史的经验告诉我们：“一切有权力的人都容易滥用权力，这是万古不易的一条经验。” 当前腐败得不到有效遏制，在很大程度上与赋权的行政处罚自由裁量权有关。
二、自由裁量权在海事行政处罚中的体现
自由裁量权在我国的海事行政处罚中显得尤为重要。这是因为：首先，海事违法行为涉及的内容广泛，情况复杂、变化迅速，法律、法规不可能对所有情况下的行政处罚都规定得明确具体，详尽无遗；其次，海事问题的专业性、时间性、地域性很强，法律、法规不应该对行政处罚作过于僵化的硬性规定；第三，我国目前的海事法制尚不够健全，有些内容不够完备，表现出一定的“概括性”和“模糊性”，有些法律、法规尚无具体的实施细则或实施办法。一言以蔽之，海事法律、法规应当授予海事部门在行政处罚中以必要的自由裁量权，使之能根据客观情势，权衡轻重，灵活运用，在法定范围内作出合法、合理的行政处罚，以达到依法行政，维护国家权益，确保“航运更安全、海洋更清洁”目标的实现。根据我国海事法律、法规、规章的规定，在具体的海事行政处罚中，自由裁量权主要体现在以下四个方面：
1、 对事实要件认定的自由裁量。
海事部门对当事人的行为性质和海事管理事项的性质认定酌情裁量。确认其行为是否违反水上安全监督管理秩序。并经过调查决定是否作出海事行政处罚。
2、判定情节轻重的自由裁量。
所谓情节是指事物发生、发展的因果关系和演变过程。海事违法行为的情节可以分为主观和客观两个方面。主观方面包括目的、动机、心理状态和态度表现等，客观方面包括时空、对象、方式手段和危害后果等。在实施海事行政处罚时，必须认真考虑上述主观和客观两个方面的违法情节。