4、听证制度。听政制度作为体现行政处罚公开、公平、民主的一种程序制度，已成为现代行政程序法的核心制度，这种制度对于规范行政处罚自由裁量权具有重要意义。在听证过程中，通过控、辩双方展示证据、相互质证和辩论，有利于发现案件的真实情况，使行政处罚自由裁量权的运用奠定在真实情况的基础之上，促进行政处罚决定的相对合理性。因为听证制度的根本性质就在于公民运用这些程序上的参与权利，进行“自卫”或“抵御”，以抵抗行政机关的违法或不当行政处罚行为，并缩小其与行政机关法律地位不平等所造成的巨大反差。
5、时效制度。时效制度是指规定行政处罚行为开始或结束的时间以及与此相关的法律后果的程序制度。其核心内容是法律对行政处罚行为的实施所规定的各种时间上的限制，行政行为只有遵守法定的时限规定，才能产生预期的法律后果。《行政处罚法》共64条，其中关于时效、时限的规定有7条，可见，时效制度在行政活动中的重要性。
6、海事机构内部监督制度。除了行政复议机关的监督外，要强化执法责任制。行政执法责任制的核心是责任追究，不仅要追究违法行政的责任，也要追究行政不当的责任，不能因为行政不当不属于违法就不予追究。规范海事行政处罚自由裁量权，同时要靠行政机关内部操作来解决。海事机构可在内部建立一定的惯例作法，以一定规章或规范性文件的形式确定本行政机关在行政处罚中具体应考虑的一些因素以及这些因素的具体标准。《行政处罚法》第四条规定的基本因素有“违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度”，海事机构可根据上述基本因素、各因素之主次情况及所占比重等，以综合评定的方式来确定一个可操作的有关本单位行政处罚的标准，这样，不仅便于执法人员操作，也便于实现本单位行政的统一；海事机构还可以形成一个公开行政处罚案件的制度，以优秀的行政处罚案例约束本单位的执法行为，起到教育和警示的作用。
此外，职能分离制度、合议制度、行政救济制度等都能对行政处罚自由裁量权的错位起着一定程度的控制作用。
上述各种制度将从不同的角度、在不同的环节上对控制海事行政处罚自由裁量权发挥作用。但任何一种法律制度都不能单枪匹马、孤军奋战，控制海事行政处罚自由裁量权的程序机制应是一个有机统一的整体，各种制度应互相配合，方能达到有效控制之目的。这些程序权益一旦转化为行政相对人的行为，将汇合成巨大的力量，以抗衡行政处罚自由裁量权的滥用，从而增强行政主体的自律意识，正确行使行政处罚自由裁量权。

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