如武汉市[76]计算方式：补偿款=（房屋建筑面积×房屋重置价标准×成新系数）+（房屋占地面积×宅基地区位价）。被拆迁农户获得补偿后不能再申请宅基地使用面积。如北京市的计算方式：“房屋拆迁补偿价＝宅基地区位补偿价×宅基地面积＋被拆迁房屋重置成新价。其中，宅基地面积按照《北京市集体土地房屋拆迁管理办法》第十八条确定；宅基地区位补偿价由区县人民政府以乡镇为单位确定并公布，报市国土房管局备案。” [77]

但依据 《 土地管理法实施条例》 第二十六条之规定：土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。2004年11月3日，国土资源部《关于完善征地补偿安置制度的指导意见》[78]将该条款明细化：按照土地补偿费主要用于被征地农户的原则，土地补偿费应在农村集体经济组织内部合理分配。具体分配办法由省级人民政府制定。土地被全部征收，同时农村集体经济组织撤销建制的，土地补偿费应全部用于被征地农民生产生活安置。

显然，地方政府制订将土地征用补偿费直接补偿给宅基地使用权直接占有使用人之规定，是不妥当的。因为这样的补偿规定，实际上完全剥夺了土地所有权人集体经济组织的所有权和处分权。就算土地征用补偿费最终是分配到了被征用农户手中，但这处分权也应由集体经济组织来实施。而且这样的规定，也无法解决集体经济组织成员之间公平合理分配的问题。

如武汉市规定[79]：宅基地区位价分三级，一类区宅基地区位补偿价标准为2280元/平方米，二类为1920元/平方米，三类为1500元/平方米。[80]由于这三级的地理位置是由政府人为划定的，且一般以环线为准。如果该界限从一个村庄中间划过，那么，同一集体经济组织的不同成员占用的同样的宅基地使用权，只因所处位置稍微不同，获得补偿就有明显的差异。如按照每一级相差400元算，100平方米的宅基地补偿就相差4万元。4万元对一般的农户来说，是笔很大的金额，补偿低的农户难免不会产生不满情绪。或者两个不同的集体经济组织，原先非常相近的地理位置和经济产值，只因地理位置稍微的差异，就产生巨大的经济补偿差异。这样的地方政府规定，不仅不能解决集体经济组织成员之间的公平合理分配问题，还有激化矛盾的可能。

再次，还造成了集体经济组织的财产向外流失。依据国家法律规定，宅基地的补偿费归集体经济组织所有，并由集体经济组织在其内部进行合理的分配。但由于地方性法规或规章之规定绕开了集体经济组织这层主体，使得房屋被拆迁人不是集体经济组织成员也可获得宅基地区位补偿费。如武汉市、北京市都明确规定：被拆迁人是指被拆除房屋及其附属物的合法所有人。也就是说，只要是房屋的合法所有权人，那么，他完全可以享受到其它集体经济组织成员的补偿待遇。依此类推，经合法转让获得房屋的人也可获得同等待遇。

但实际上，何谓房屋的合法所有权人，以上两个地方性规章都没有明确解释。从其条款中可以推断出，是以集体土地使用权证的人为房屋所有权人。这样一来，如果该农民房已经存在被出售之情况下，这笔补偿费到底该给谁呢？能制订出如此详细而完备的规章制度的地方政府不会不知道这种情况的存在，但他显然不想接这个烫手的山芋，而是把这个尴尬的问题抛给了法院。这个问题也存在房屋安置和另行审批宅基地安置两种补偿方式中。

（2）房屋安置，是指拆迁人对被拆迁农户依法给予房屋货币补偿后，被拆迁农户再以其所得的货币补偿款购买拆迁人提供的国有土地上的安置房屋。这种情况主要是针对位于城市规划区内的村庄。在城市化过程中，集体经济组织的所有土地都被国家征用后，由政府出资规划建造统一的农村联体公寓或商品楼房，对失去房屋的农民予以安置，即地方政府所谓的“撤村建居”方案。

以上安置方式在实施过程中有两种方案：一是按照被征用的房屋建筑面积予以安置；二是在确认房屋建筑面积上结合被拆迁人家庭人口情况予以安置。在确认被征用时农民居住和占有的宅基地面积和房屋面积这个问题上，地方政府的做法几乎惊人的一致即对农民非常的不友善，许多政策规定根本不考虑我国建国以来的对农村集体土地管理的实际情况。

如在认定计算宅基地面积上，北京市规定：“拆迁补偿中认定的宅基地面积应当经过合法批准，且不超过控制标准。未经合法批准的宅基地，不予认定。经合法批准的宅基地超出控制标准的部分，不予补偿；但1982年以前经合法批准的宅基地超出控制标准的部分，可以按照区、县人民政府的规定给予适当补偿。”[81]

这规定就有问题了。在1982年2月国务院公布《村镇建房用地管理条例》之前，我国农村农民建造房屋所需要的宅基地是不需要政府审批的，有的地方只要让生产队划一个空地即可，有的地方则只需要经村委或公社书面或口头同意即可避免，而绝大部分的做法则是农民自己弄个土地建造房屋，只要不是非常严重地乱占耕地或引发村民之间的争议，政府也就是睁一只眼闭一只眼，不予以干涉。还有的农民所占用的宅基地和房屋，则系土地改革时政府无偿分配获得，虽然当时规定有颁发房屋土地所有权证，但后来办理出的也只占小部分，大部分的都没有任何政府颁发的书面证明，已办理房屋土地所有权证的，也在历经文化大革命之动乱年代而大都不复存在。

这两种宅基地使用的主人，有的法制观念淡薄，有的因一时无法提供有效证明，在八十年代末期的政府全面统一换发集体土地使用权证过程中，没有及时地去办理新的宅基地使用权证。这样一来，现在这批宅基地依据北京市的政策，就成了违法占用土地，而被排除在补偿之内。

这显然于法于理都是非常说不通的。实际上，国家土地管理曾就该类问题出台文件规定：“1982年2月国务院公布《村镇建房用地管理条例》之前农村居民建房占用的宅基地，在《村镇建房用地管理条例》施行后未经拆迁、改建、翻建的，原则上按现有实际使用面积确定集体土地建设用地使用权。1982年2月《村镇建房用地管理条例》公布时起至1987年1月《土地管理法》开始实施时止，农村居民建房占用的宅基地，其面积超过当地政府规定标准的，超过部分按1986年3月中共中央、国务院《关于加强土地管理、制止乱占耕地的通知》及地方人民政府的有关规定处理后，按处理后的实际使用面积确定集体土地建设用地使用权。”[82]也就是说，国家在认定农民占用宅基地问题上，还是本着实事求是以调查核实的事实为准的。