证券被集中存放在CSD以后，投资者就不再直接持有证券凭证本身，而是自行或通过中间人在CSD开立证券帐户，并通过证券帐户来进行交易和主张权益。[1] 事实上，CSD的基本功能便是使得所有的证券交易都得以通过簿记形式(book-entry form)来处理。[2] CSD通常只为数目有限的参与人开立帐户，参与人再为自己的客户开立帐户，以此类推直至实际投资者;实际投资者的身份和持有信息只记录于为其开立帐户的中间人处，而不出现在CSD帐簿或发行人登记簿中。这就是所谓的间接持有(indirect holding of securities)。

　　简言之，证券间接持有是指在发行人同实际投资者之间存在多个中介性的持有层次，投资者的名称和证券持有情况不直接体现在证券持有人名册中，而是只在与其最邻近的中间人——即所谓直接中间人(immediate intermediary)——处开立帐户，通过该中间人的帐簿记录而“间接”持有相关证券。间接持有系统是一个多层次的金字塔结构：位于顶端的是CSD;第二层是数量有限的投资银行、证券经纪商、地区性托管机构等大型中间人，它们与CSD直接订立托管合同，并在CSD开设证券帐户，拥有自己帐户名下的各项证券权益，通常被称为CSD的参与人;参与人进而为其客户——可能是实际投资者，但主要是下一层的中间人——开立帐户和托管证券，以此类推，直至最终的实际投资者。这样，在位于底部的实际投资者和位于顶端的CSD之间就存在多个证券持有层次，间接持有系统因此又称为“多层持有系统”(tiered holding system)。在间接持有系统中，CSD保存的记录表明其为不同参与人持有的证券，而这些参与人的记录分别表明其为自己客户持有的证券。CSD下设的证券帐户只并记录其参与人持有证券的情况，而不记录参与人的每个客户(无论是下层中间人还是实际投资者)的具体信息;同样，参与人的证券帐户也只记录其直接客户的证券持有情况，而不记录更下一级主体的具体信息，以此类推。这样，投资者的证券权益就完全依赖于他在直接中间人处所持有的证券帐户。

　　为进一步提高间接持有系统的效率，多数CSD和中间人均在混合(omnibus)和可替代(fungible)帐户的基础上为其客户保管证券。直接中间人在其上层中间人处开设一个单一的帐户，用于统一记录其所持有的所有投资者的证券;该帐户被称为“客户帐户”，以区别于其自有帐户，但不包括任何单独客户的身份或权利信息。上层中间人也采取同样方式记录其客户的证券，直至CSD.这样，任何一个客户(下层中间人或实际投资者)的证券权益都不独立于其他客户，无法就特定证券主张权利，而只能同其他客户分享可替代的证券集合中的相应份额。换言之，参与人或客户失去了要求交付特定证券的权利，代之以要求给付与其簿记持有相对应的批次、类型和数量之证券的权利。[3]