军事船舶、渔业船舶和体育运动船艇的船舶所有权登记不适用《船舶登记条例》。渔业船舶在1996年6月1日之前适用《中华人民共和国渔业船舶登记章程》的规定，之后适用《中华人民共和国渔业船舶登记办法》的规定，以及《海洋捕捞渔船管理暂行办法》的规定。
船舶登记制度根据所登记的权利的不同，可分为船舶所有权登记、船舶抵押权登记和船舶光船租赁权登记。船舶所有权登记又分为取得登记、变更登记和注销登记。取得登记是指为取得船舶所有权而进行的登记，包括因购买、建造、继承、赠与、法院拍卖等而取得的船舶所有权；变更登记是指船舶所有权发生变化而进行的登记，包括因船舶挂靠关系的取消而引起的船舶登记所有权人的变化，船舶由单方全权所有变为与他人共有或由船舶共有变为单方全权所有，以及船舶共有权人的变化；注销登记是指因船舶所有权消灭而进行的登记，如船舶拆解、船舶沉没或原船舶所有权人丧失所有权等。
     船舶所有人在申请船舶登记之前必须选择一个船籍港。船舶登记港为船籍港。船舶登记港由船舶所有人依据其住所或主要营业所所在地就近选择，但不得选择2个或2个以上的船舶登记港。一艘船舶只准使用一个名称，船名由船籍港船舶登记机关核定，船名不得与登记在先的船舶重名或者同音。港务监督机构是船舶登记的主管机关。
     申请船舶所有权登记，应当交验足以证明其合法身份的文件，并提供有关船舶技术资料和船舶所有权取得的证明文件的正本和副本。就购买取得船舶申请船舶所有权登记的，应当提供：购船发票或者船舶的买卖合同和交接文件；原船籍港船舶登记机关出具的原船舶所有权登记注销证明书；未进行抵押的证明文件或者抵押权人同意被抵押船舶转让他人的文件。就新造船舶申请船舶所有权登记的，应当提供船舶建造合同和交接文件，但是，就建造中的船舶申请船舶所有权登记的，仅需提供船舶建造合同；就自造自用船舶申请船舶所有权登记的，应当提供足以证明其所有权取得的文件。就因继承、赠与、依法拍卖以及法院判决取得的船舶申请所有权登记的，应当提供具有相应法律效力的船舶所有权取得的证明文件。
     本案所涉及的“惠湾008”号船属于《船舶登记条例》第（二）项规定的船舶，故该船的船舶所有权的取得和转移必须进行登记。船舶所有权人金桥公司依法在船籍港办理了船舶登记手续，并由船舶登记机关颁发了船舶所有权登记证书、船舶国籍证书。本案因林金炎主张船舶所有权已转移，故还涉及到船舶所有权转移的登记问题。如果“惠湾008”号油船是经过合法买卖而转移所有的，则应当由船舶出卖人肖辉文向原船舶登记机关递交船舶的买卖合同和双方交接船舶的文件，办理原船舶的所有权注销登记，取得原船舶登记机关出具的原船舶登记所有权注销证明书。再由船舶买受人林金炎向当地船舶登记机关递交船舶买卖合同和交接文件，以及原船舶所有权注销证明书，未进行抵押的证明文件或者抵押权人同意被抵押船舶转让他人的文件，办理船舶所有权取得登记。但由于船舶出卖人肖辉文是船舶的无权处分人，没有也不可能合法进行船舶注销登记，林金炎没有也不可能进行合法的船舶所有权取得登记。