养济院收养孤贫时，必须遵照严格的程序。以清代广东省乐昌县养济院为例，在办理收养时，首先孤贫必须出示乡约及邻里的保状书，证明符合条件;入住养济院后，必须登记姓名、年龄、相貌、特征和入住原因，并注明原居村庄里图;最后按此内容，制作腰牌发给住院孤贫。养济院收养满额后，即暂停收养，待出现空额后按序顶补。为便于管理，养济院对入住孤贫进行编制，每10人设立一甲长，轮流担任，互相监督;遇人滋事，须报官府处理;如有孤贫沟通作弊，则“革粮另补”。

　　清代养济院在救助标准上也有章可循，但存在地区差异。乾隆二年时清政府曾统一标准，“每孤贫一名，岁给银一两二钱六分，米二石八斗三升各有奇。遇闰加银三分，加米二斗三升各有奇。”[14](卷182)但因地方财力强弱不一，各地养济院的救济标准实际上还是存在很大不同，大概而言，地方财力雄厚则救济标准高，财力窘迫则标准低。

　　由于养济院的举办经费来自政府，所以多由地方官员直接管理。为提高官员的重视程度，清政府将养济院的经营情况列为考绩内容，并具体规定了地方官员的管理责任。如地方官必须登记孤贫个人资料、发放银米、点验人员、维修设施[7](卷602)。但制度完备并不能完全保障养济院的正常运行，在雍正年间，养济院已显弊端，如不法官吏欺蒙舞弊、任意克扣侵蚀，无赖混充冒入、真正孤贫难得养恤等情况屡见不鲜。为消除官营所带来的弊端，清朝晚期，地方社会也开始介入养济院的建设，养济院的官营色彩渐趋淡薄。

　　2.普济堂。因养济院的收养名额有限，且弊端众多，日渐衰败，不能满足实际需要，为补养济院不足，清代还出现了另一收养孤贫的机构——普济堂。

　　最早的普济堂由地方社会举办，“康熙四十五年，京师广宁门外，士民公建普济堂，颁发御制碑文及‘膏泽回春’匾额”。因其成效显著，且无需政府出资，可补养济院之不足，得到雍正帝的肯定，并要求地方政府“时加奖励，以鼓舞之”。在皇帝的号召下，普济堂建设盛行一时。如河东总督王士俊即命河南省“每一州县，必于境内建造普济堂一所，多置义田，以溥皇恩，以恤茕独。限文到一月内，鸠工庀材，先将兴工日期报查，再广置义产，续详查核。”以此为契机，河南省109个州县共建立了129所普济堂，山东省101个州县卫所中也设置了131所普济堂。这些普济堂“纤毫不需公项”，完全利用民间资金兴建。但乾隆以后，官方开始担负起创设、资助普济堂的责任。与此相应，普济堂在管理方面也出现了变化。早期普济堂由于开办经费来自地方捐助，所以通常由出资人轮流管理。在官方介入后，普济堂开始采取聘任制的方式，由官方延请地方绅士管理，如本为民间创立的的苏州普济堂转为官督民办后，在乾隆四十九年，因原管者“经理不善，堂务废弛”，遂仿照江宁普济堂的方法，延请绅士轮流经管。但因官营普济堂更易滋长弊端，因而太平天国战争后重建的普济堂一般都采取了官民合办的方式。