第一，转基因生物可能对环境质量、生态系统或生态平稳产生不利影响。一些科学家认为，转基因生物在自然界中释放将污染自然基因库，打破原有的生态平衡，对生态环境产生难以预料的冲击，其潜在威胁不亚于核扩散。有些转基因生物（如转基因农作物、动物和微生物等）进入自然环境或生态系统后，植物通过花粉传播，动物和微生物通过杂交，会将转基因特性传给其他动植物和微生物，使其他动植物产生病虫害，严重的会因此搅乱原有的生态平衡、生态秩序。例如，美国加利福尼亚大学伯克利分校的研究人员在2001年英国《自然》杂志上发表文章认为，野生物种一旦被经过重组的遗传基因污染，它们的多样性就会逐渐丧失，粮食作物的安全保障将受到严重威胁。专家们从墨西哥南部采集的6种野生玉米样本中发现，在4种玉米中有经过重组的遗传基因（即在基因研究中广泛采用的基因）。环保组织指责“生物技术企业的这种危险正染指大自然”。[5]美国康乃尔大学昆虫学家罗西（Losey）等于1999年在《自然》杂志上发表文章指出，实验证明转基因抗虫玉米（也称Bt玉米）的花粉伤害美国公众喜爱的一种蝴蝶──大斑蝶的幼虫[6].有一种转基因鲈鱼因为生长特别快速，在10年之内导致400多种鱼类绝迹[7].转转因植物会把抗药性转移给野生植物，导致产生抗除草剂的“超级野草”，给生态环境造成灾难性的后果。近年来，在英国、丹麦、挪威等国曾发生政府或农民反对种植转基因油菜的事件和风潮[8]，英国、爱尔兰和苏格兰的转基因农作物（genetically modified crops）试验场已经受到反对遗传工程活动分子的破坏。这些人认为，转基因植物的花粉可能污染农民的农作物，使这些作物的天然状态处于风险之中。在1998年，爱尔兰一些转基因的甜菜作物已被从试验场除掉，苏格兰一块土地上的转基因油菜被连根拔掉；在英国其他地方的21处转基因农作物试验地也遭到了破坏；而在1997年只有3处；抗议的浪潮曾经席卷整个欧洲。

　　第二，转基因生物可能对人体健康产生不利影响，严重的可以致癌和其他遗传病。其中转基因技术[9]、转基因工程[10]和转基因生物[11]最引人关注。自1983年世界上第一例转基因植物培育成功到2000年，全世界共有50多种农作物基因工程产品被正式批准投入商品化生产。从1996年～1999年全球已有12个国家（其中包括有中国在内的4个发展中国家）种植了转基因作物，种植面积由1996年的170万公顷发展到1999年的3990万公顷。到1999年，全球转基因食物的销售额已经高达20多亿美元，1998年全球大豆已有52%是转基因产品[12].转基因作物种植面积最大的首推美国，占世界种植面积的72%[13].到2000年，美国55%的大豆、50%的棉花和30%的玉米都是转基因品种。美国市场已有转基因食品4000种。加拿大有60%的食品包含了转基因成份。目前转基因食品安全问题已经引起世人的注意。英国的研究人员普斯陶伊在1998年通过新闻媒介向世人展示了他的研究结果：实验鼠在食用转基因土豆10天后，其肾、脾和消化道都出现了损伤。该项实验告诉人们，转基因技术会给人类（通过破坏人体免疫系统）带来危害[14] .有些转基因生物或其产品（如转基因农作物的果实、转基因动物的肉与奶、人造转基因氨基酸或药品）含有转基因活生物体或病毒，当被人食用后可以引起人体各种疾病，在美国和其他一些国家已经发现因服用转基因生物体或其产品而导致人体疾病甚至死亡的事件。[15]荷兰科学家宣布，转转因食品会把抗药性转移给有害细菌，导致产生“超级病菌”，给人类造成灾难性的后果。

　　第三，转基因生物可能对人类社会秩序产生不利影响。包括克隆技术、遗传工程在内的现代科学技术，不仅将一切自然物加以人化，也在将人予以物化。随着诸如克隆技术等现代生物技术的发展，特别是克隆人或人体器官技术，人体和动物之间的基因交换或移植技术，当代社会出现的人体器官移植、器官捐赠、精子买卖、代理母亲（代孕）等现象已经将人体的一部分作为物或商品，而克隆人的设计、生产、销售、储藏和买卖，则将人本身（而不是人体的一部分）作为物或商品，这有可能引起新的种族歧视、性别歧视、人身商品化、侵犯人的尊严等新的伦理道德问题，严重的会造成新的社会伦理风险、经济风险和社会动荡。1997年2月23日，英国爱丁堡罗斯林研究所的科学家成功地用成年绵羊的体细胞无性繁殖或克隆出了世界第一只绵羊“多莉”。2001年11月25日，位于美国马萨诸塞州的伍斯特的先进细胞技术公司宣布，该公司首次利用克隆技术培育出人类早期胚胎；另一家名为集体克隆的美国公司也宣布他们已经克隆出人类胚胎细胞，并声称其最终目的是克隆人。人类胚胎中的干细胞又称万能细胞，它可以被培育出各种适宜人类身体的器官，对治疗人类疾病极为有利。首次克隆出人类早期胚胎在美国和全世界掀起轩然大波，人们认为关于人类生命秘密的潘多拉盒子终于被人类自己打开了，这是迈出克隆人的第一步。美国天主教联盟主席兼前美国驻梵蒂冈大使罗蒙？弗林指出：“在某种程度上说，这是医学界的突破。但我相信它会带来人类道德上的崩溃。人类的繁殖现在已经操纵在几个男人的手中。”克隆羊和克隆人类胚胎干细胞的成功意味着人工造人已经成为可能（过去是通过自然方式诞生人），克隆人将彻底改变人类生命繁衍的自然方式，是一种脱离人的自然性血缘关系即父母亲情的无性繁殖，因而克隆人是一种典型的人工人，是一种生产品、商品、人工物，这将使人自身成为人的商品，人与物的差别与界限将模糊不清。尽管目前许多国家已经通过立法禁止克隆人[16]，但从长远的、发展的观点看，克隆人的出现将是迟早的问题。按照商品经济和市场规律，每个人都会希望用最优良的基因来克隆自己所期望的同类和后代；人们可以像买卖普通物品那样进行自身或他人的买卖，人将在民商法中作为一种“物”进行交易和买卖。对于一个克隆人来说，他既是人又是物；对于克隆市场来说，克隆人既是市场主体，又是市场交易买卖的客体。从法律角度看，克隆人最深刻的本质和对民法最严峻的挑战，是对民法中自然人的自然性的否定；克隆人的出现还有可能使人从自然人变为人造人（即一种产品或商品）、从法律主体变为客体，从而带来一系列法律和法律理论问题。这意味着关于人与人类的基本法律概念将变得模糊不清，人的法律概念必须重新定义。这种现象，不仅是作为客体的物的范围扩大，也是作为主体的人与作为客体的物之间界限的缩小或消失。