那么，如何对这种沿袭多年的“流水作业式”的诉讼构造进行改造呢？鉴于这种诉讼构造的缺陷，就是将国家追究犯罪的活动按照行政管理或者准军事化的方式进行规范，而没有将此纳入“诉讼”或“司法裁判”的轨道，因此，改造的重心应当是从“流水作业”走向“以司法裁判为中心”。当然，笔者这里所说的只是从理论意义上而言的，这丝毫不意味着中国必须全盘接受西方某一国家的诉讼模式。我们所应关注的，应当是西方各国赖以建立其刑事诉讼程序的基础性理念，以及与此相伴而生的基本诉讼框架。

　　首先，应当在审判前的追诉程序中设立一个不承担追诉职能的中立的司法机构，使其能够对检警机构限制或者剥夺公民基本权益的行为，进行有效的司法授权和司法审查，由此可以在审判前程序中构建起真正意义上的司法裁判程序。在笔者看来，审判前程序要想摆脱其纠问化和行政化的形象，就必须在诉讼构造中设计一个中立的裁判者，使得所有发生在检警机构与嫌疑人之间的争端都能被纳入司法裁判程序的轨道。这个所谓“中立的司法裁判者”，可以是一个既不承担追诉职能，也不承担案件实体性裁判职能的独立法官。他应当能够参与审判前活动的全过程，并就所有与公民基本权益有关的事项，如逮捕、拘留、取保候审、监视居住、搜查、扣押、窃听、勘验、检查、鉴定、通缉等强制性措施，发布是否许可的令状。同时，对于公民因不服自己遭受的强制性措施而提出的申诉、控告，该法官还应负责进行受理和审查。不仅如此，对于公民因为遭受不合理或过长的审前羁押而提出的诉讼，还应当有专门的法院负责受理和审查。笔者以为，可以考虑借鉴西方各国的“人身保护令”制度，在中国构建一种专门针对审判羁押的合法性而进行的程序性裁判制度。这对于防止超期羁押、任意羁押现象的发生，无疑是极为重要的治本之道。

　　摆脱“流水作业式”诉讼构造的第二步，是彻底切断审判前的追诉程序与审判程序的因果联系，真正使法庭审判成为决定案件结局的唯一阶段。为此，应当确立以下几方面的程序保障：一是贯彻直接和言词审理原则，建立证人、鉴定人、被害人出庭作证的制度，使得裁判者完全通过当庭听证和聆讯，对证人证言、鉴定结论和被害人陈述等言词证据的证明力作出裁断。二是实行彻底的“起诉书一本主义”，禁止检察机关在提起公诉时将任何足以令裁判者产生预断的证据材料移送给法院，同时禁止检察机构以任何形式、在任何阶段再将案卷材料移送法院，以保证裁判者完全根据控辩双方当庭提出的证据作出裁判，并且将自己的裁判结论建立在通过当庭听审所形成的直观印象上面。三是确立传闻证据排除规则，严禁检察机关随意地以书面笔录的方式提供被告人供述、证人证言、鉴定结论或被害人陈述，对于这种传闻证据一般应当排除于法庭审判之外，不使其作为法庭定案的根据。对于以上所有言词证据，都必须以被告人、证人、鉴定人、被害人等的当庭陈述，作为定案的直接根据。被告人在侦查阶段所作的有罪供述、证人在侦查阶段所作的证言、鉴定人在侦查阶段所作的鉴定结论，以及被害人在侦查阶段向检警机构所作的陈述，都不能直接被用来作为对被告人进行定罪的根据。四是禁止裁判者与检警机构进行任何形式的“单方面接触”。不论是在法庭审判开始之前，还是审判过程，或者审理结束之后，裁判者都不能与控诉一方进行诸如“交换意见”、“提供材料”、“秘密协商”之类的幕后活动。否则，检警机构的意见就会通过这种接触直接对裁判者的结论产生不可低估的影响。只有通过上述途径使刑事追诉的结论不再对司法裁判的结局具有预定效力，裁判者才能真正从法庭审判过程之中，而不是刑事追诉机构的案卷中寻找裁判的根据。法庭审判也由此才能具有“刑事诉讼中心”的地位。