（2）审查的范围不尽相同。第39条程序的审计范围有很强的针对性，一般针对银行既往的审计师所未审计出的问题，或者有意隐瞒的风险弱项进行审计，属于风险检查的范畴；第41条程序则主要检查商业银行的流动性风险和管理业绩问题，基本上是一种合规性检查。

　　（3）被调查的对象范围不同。第41条程序调查的对象外延广于第39条程序的调查对象，依据第39条程序只能调查银行本身及其分支机构（包括海外分支机构），第41条程序的调查对象除了涵盖上述范围外，还包括银行的控股母公司及其持股20%以上的子公司。

　　（4）二者的费用负担不同。依据第39条发起的调查程序其费用由被调查银行支付，而第41程序的费用则由监管机构自负。这主要是因为第39条程序是一种风险检查，是在确证银行在风险管理、内部控制或其他问题上存在缺陷的基础上而进行的针对性检查，其目的是为了纠正银行的错误，弥补银行的管理缺陷，因此费用应由银行自身负担；而第41条程序是一种防范性的合规检查，其发动的基础是监管机构对银行流动性和管理业绩的怀疑，不需确凿证据加以证明，其发起基础本身就不牢靠，是监管机构为履行监管职责而主动发起的检查程序，因此费用应由监管机构承担。

　　3、否定意见的审计报告

　　无论是法定审计还是特殊审计，审计师应当与被审计银行讨论他们所发现的问题，以增强审计结论的客观性和准确性。在审计工作完成后的3个月内，审计师应将审计报告和银行管理层的意见提交监管机构和银行董事会。银行管理层的意见书除阐述其与审计师不同的看法外，还应阐述其整改或补救的具体措施。

　　英国的监管机构并不希望审计师出具无保留意见的审计报告，即使在银行总体处于稳健经营的情况下，监管机构也希望审计师能够列示银行经营管理和内部控制应关注的问题，以帮助监管机构判断银行的内部控制和财务记录是否健全，银行是否在某些方面未达到审慎经营的要求，等等。英国监管机构这种看似“求全责备”的作法，在实践中对银行改善内部控制发挥着重要的“拾遗补漏”的作用。

　　在银行内部控制机制存在以下严重问题时，审计师必须作出否定意见（adverse opinion）的审计报告：

　　（1）被审计银行严重违反银行经营管理的基本原则，如违反信贷决策和担保程序放贷、违法分级授权体制从事业务等；

　　（2）日常的经营管理系统和记录无法保证银行的审慎经营；

　　（3）管理系统或记录存在严重的弱项，有造成银行重大损失的可能；