由于检察机关和人民法院上述规定的不相一致，造成了实践中的两个突出问题：一是实体上法院认为在存疑案件中，只要检察机关采取拘留、逮捕强制措施的，检察机关就应当给予赔偿；而检察机关则认为赔与不赔要等确认后决定。二是程序上法院既承认检察机关有先行确认的权利，同时又认为有法院无罪判决书等法律文书的，人民法院赔偿委员会对赔偿申请应当受理。因此，存疑案件采取的拘留、逮捕强制措施是否侵犯了公民的人身权，即使检察机关作出了不予确认的决定，只要人民法院赔偿委员会依据《暂行规定》第三条的规定受理后，作出给予赔偿的决定，检察机关必须执行。而检察机关认为自己作出的是不予确认的决定，依照《暂行规定》第二条的规定，人民法院赔偿委员会不应当受理这种存疑案件。检察机关和人民法院在办理存疑案件赔偿问题上的分歧，不可避免地造成了司法机关在处理存疑案件的赔偿问题时，不好协调、配合，难以操作和执行。

　　存疑案件赔偿问题立法完善的思考

　　当前，存疑案件的赔偿问题存在诸多现实矛盾和困难，对此检察机关和人民法院都有一定的认识，并力图通过制订一些司法解释和规定予以弥补。但是，实践中的问题并没有因此得到根本的缓解。追根溯源，关键问题就是立法滞后。《国家赔偿法》颁布实施在先，刑法、刑事诉讼法修改在后，《国家赔偿法》从基本原则到具体内容上，都与刑法和刑事诉讼法的相关规定有冲突。因此，要从根本上解决存疑案件赔偿问题，还须修改、完善《国家赔偿法》。

　　要解决存疑案件的赔偿问题，非常重要的一点就是通过立法明确刑事赔偿的归责原则。《国家赔偿法》第二条确立了国家赔偿的违法责任原则，适用于和刑事赔偿，强调“违法行使职权”是赔偿的前提。但从《国家赔偿法》第十五条的规定来看，刑事赔偿并未强调违法责任原则，而是无过错责任原则。无过错责任原则是指只要结果发生，致害人就要承担赔偿责任，而无须考虑致害人和受害人的过错。笔者认为，确立无过错责任原则为刑事赔偿的归则原则之一，更有利于保护当事人合法权利和确认侵权责任。无过错责任原则的理论基础是公平，公平在刑事诉讼领域内集中的表现就是，应通过某种法律的规定使处于强势地位的司法机关与处于弱势地位的犯罪嫌疑人或被告人之间，能处在一个相对平等的位置。对犯罪嫌疑人或被告人拘留、逮捕或者追究刑事责任是司法机关惩治犯罪的专有权力，其执行应按照严格的程序和措施，而犯罪嫌疑人或者被告人往往由于条件所限，难以了解司法机关在司法程序中有无违法行为，因而举证困难。适用无过错责任原则，恰恰无需其证明司法机关是否依法行使职权，只需证明无罪受到羁押的事实存在即可构成刑事侵权赔偿责任。在某种程度上，当事人与司法机关找到了—个可以对抗的平衡点，这样更显得公平与公正，从而也更有利于保护公民、法人和其他组织的合法权益不受非法侵犯，保证司法机关正确履行职权。另外，从确认原则上讲，国家没有通过司法程序确认是有罪的人，他在法律上就是无罪的，这和事实上的无辜不是一个概念。存疑不起诉、存疑判无罪所产生的法律后果都是证明这个人在法律上是无罪的。法律上无罪，其产生的后果应是国家赔偿。