发现货物出险后，粮油公司与保险公司双方对残损货物的处理和赔偿问题进行了协商。1998年1月13日，保险公司通知粮油公司，其初步同意将有问题的豆粕以每吨2，000元的价格出卖。1月21日，保险公司又通知粮油公司，对受损的货物，无论卖出与否、价格高低，其都将以每吨1，600元的价格结算。1998年1月23日，双方就该批豆粕保险赔偿事宜签定了一份协议书，约定：“甲方（指保险公司）确认已收到乙方（指粮油公司）按照保险单规定提交的包括商检证书在内的索赔文件，在判定有关单证无异议的情况下，根据保险单有关规定作出理赔，具体理赔金额按双方达成的协议约定；甲方应在1998年3月10日之前实现对乙方的保险赔偿，如果不在上述时间内实现对乙方的保险赔偿，乙方有权终止对承运人的诉讼，并直接诉请甲方予以赔偿，由此所引起的一切后果及费用应由甲方承担”：“因甲方在乙方诉前保全必须提起诉讼的期间难以完成理赔的手续，无法取得对承运人的代位求偿权，甲方要求乙方以乙方的名义起诉承运人，乙方因起诉承运人所产生的所有风险、费用和收益由甲方承担。本条所指费用包括诉前财产保全费用、诉讼费、律师费等”。 粮油公司于1998年1月24日向广州海事法院对印度船务有限公司提起诉讼。其后双方又对赔付额和赔付条件进行了协商。因协商未果，粮油公司于1998年5月20日向本院提出撤回对印度船务公司的起诉的申请。1998年6月1日，保险公司拟就了一份赔付协议文本，并加盖了公章，写明：“甲方（保险公司）按双方已确定的赔付额在一九九八年六月十日前按本协议的规定全部赔付给乙方（粮油公司），并取得代位求偿权。具体赔付额为：1、短量390，824元；2、货损4，289，469.40元；3、商检费70，000元；4、转仓、翻堆费用64，132.18元；5、诉讼费75，115元；诉前保全费5，000元。共计4，894，540.58元。”但因双方对该协议文本的其他条款未能协商一致，没有签订。1998年7月3日，广州海事法院裁定准许粮油公司撤回对印度船务有限公司的起诉，并发还了担保。

　　残损的货物已由粮油公司销售，其中1，800吨以每吨2，000元的价格售出，3，127.389吨以每吨1，600元的价格售出，共得价款8，603，822.4元。经核实，粮油公司因货物短重损失390，824元（已扣除0.5%的免赔数量）；因货物残损损失4，289，469.4元；支出商检费71，214元、转仓、翻堆费用64，132.18元；支出诉前财产保全申请费5，000元、起诉承运人的诉讼费用37，557.5元。

　　粮油公司提供了深圳市港务管理局出具的一份《证明》，内容为：“赤湾港航股份有限公司（属赤湾港区）为深圳市港务管理局行业管理的港口企业。深圳港目前共有8个港区，其中招商港务股份有限公司、赤湾港航股份有限公司、海星港口发展有限公司、圳华港湾企业有限公司四家企业分属四个不同港区，各港区的有关港口业务同属蛇口海关、蛇口边检、蛇口商检、蛇口动卫检等同一口岸部门办理。”“蛇口一般泛指地域名，以上四个港区在地理位置上均属蛇口区域，不具体指某一确定企业”。