与流域陆域资源管理结合。水生态系统保护与修复，与陆域自然资源的管理、开发、利用以及其他生态系统保护密切相关。因此，要注意工作内容的关联性、工作范围的全局性和措施的综合性。

　　原则和目标

　　遵循自然规律原则。要立足于保护生态系统的动态平衡和良性循环，坚持人与自然和谐相处;要提出顺应自然规律的保护与修复措施，充分发挥自然生态系统的自我修复能力。

　　社会、经济现实可行原则。从经济社会发展的实际出发，确定合理适度、现实可行的水生态保护和修复目标。

　　保持水生态系统的完整性和多样性原则。水生态系统具有独特性和多样性，保护措施应具有针对性，不能完全照搬其他地方成功的经验。管理工作要与水功能区要求充分结合。

　　水生态系统保护与修复工作长期性原则。水生态系统的保护和修复工作要长期坚持不懈，将水生态系统保护的理念贯穿到水资源规划、设计、施工、运行、管理等各个环节，成为日常工作的有机组成部分。

　　水生态系统保护与修复工作的总体目标是：通过水资源的科学规划、合理配置、节约、高效利用，采取水土保持等各种水生态系统保护或修复措施，长期保持全国水生态系统的健康状况，遏制局部水生态系统失衡趋势，促进其良性循环。通过水生态系统保护与修复工作，建立水生态系统保护与修复工作的管理体系、技术体系和工作制度。