行政复议法第十二条规定，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。根据这一规定，对县水利局作出的行政处罚不服，可以向县政府申请行政复议，也可以向其上一级市水利局申请行政复议。这样的规定是行政复议制度改革的成果。按照1990年国务院制定的行政复议条例的规定，对县级以上的地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服申请的复议，由上一级主管部门管辖。行政复议要由“条条”管辖。对此，不少群众有意见，一是，下级主管部门在作出具体行政行为时，往往向上级主管部门事先请示、沟通，如果只能向上一级主管部门申请复议，难以避免部门保护的影响，不利于保护申请人的合法权益；二是，向上一级主管部门申请复议，多数要到异地，往往会给复议申请人带来不便；三是根据地方组织法的规定，省、自治区、直辖市的人民政府的各工作部门受人民政府统一领导，并且依照法律或者行政法规的规定受国务院主管部门的业务指导或者领导。自治州、县、自治县、市、市辖区的人民政府的各工作部门受人民政府统一领导，并且依照法律或者行政法规的规定受上级人民政府主管部门的业务指导或者领导。从以上的规定不难看出，县级以上地方各级人民政府工作部门是同时受本级人民政府和上级人民政府主管部门双重领导的，对其作出的具体行政行为不服，两个机关都有行政复议权。考虑到这些理由，国务院于1994年对行政复议条例进行了修改，主要是对复议管辖的规定由以“条条为主”修改为“条条”和“块块”都有管辖权，即：“对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服申请的复议，由本级人民政府或者上一级主管部门管辖。但是，法律、法规规定由本级人民政府管辖的，从其规定；法律规定由上一级主管部门管辖的，从其规定。”但是由于现行法律、法规对复议管辖规定由同级人民政府管辖的很少，只有一部“集会游行示威法”和一个“卫星接收设施接收外国卫星传送电视节目管理办法”，因此，根据绝大多数现行法律、法规的规定，我国在实施行政复议法前的行政复议管辖实际上仍以“条条”为主。为了真正实现行政复议的“公正”、“便民”的原则，保护公民、法人及其他组织的合法权益，使公民、法人及其他组织在符合法律规定的前提下可以自愿选择申请复议的行政机关，经同地方、部门和专家反复研究，达成共识，对行政复议法关于行政复议的管辖问题在1994 年行政复议条例规定的基础上又作出进一步明确的修改，规定：“对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。”其他法律、法规关于行政复议管辖问题的规定与行政复议法规定不一致的，服从该法的规定。 
    从目前各单行法律规定的情况看，对行政管理相对人不服县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为向哪个机关申请复议问题，大致有四种规定。第一种明确规定由上一级主管部门管辖，如中华人民共和国治安管理处罚条例的第三十九条规定：“被裁决受治安管理处罚人或者被侵害人不服公安机关或者乡（镇）人民政府裁决的，在接到通知后五日内，可以向上一级公安机关提出申诉，由上一级公安机关在接到申诉后五日内作出裁决；不服上一级公安机关裁决的，可以在接到通知后五日内向当地人民法院提起诉讼”。第二种是明确规定由作出具体行政行为的行政机关的本级人民政府管辖，如中华人民共和国游行示威法的第十三条规定：“集会、游行、示威的人对主管机关不许可的决定不服的，可以自接到决定通知之日起三日内，向同级人民政府申请复议，人民政府应当接到申请复议书之日起三日内作出决定”；第三种是笼统规定由上一级行政机关管辖，如食品卫生法的第五十条规定：“当事人对行政处罚决定不服的，可以在接到处罚通知之日起十五日内向作出处罚决定的机关的上一级机关申请复议；当事人也可以在接到处罚通知之日起十五日内直接向人民法院起诉”；行政诉讼法第三十七第规定：“对属于人民法院受案范围的行政案件，公民、法人或者其他组织可以先向上一级行政机关或者法律法规规定的行政机关申请复议，对复议不服的，再向人民法院提起诉讼；也可以直接向人民法院提起诉讼”；第四种没有明确规定向哪个机关申请复议，只规定依法提起行政复议，如：中华人民共和国执业医师法的第十五条规定，“受理申请的卫生行政部门对不符合条件不予注册的，应当自收到申请之日起三十日内书面通知申请人，并说明理由。申请人有异议的，可以自收到通知之日起十五日内，依法申请复议或者向人民法院提起诉讼。由于新制定的行政复议法对行政复议的管辖明确了“条条”管辖还是由“块块”管辖由申请人选择的原则，同时第四十二条又规定：“本法施行前公布的法律有关行政复议的规定与本法的规定不一致的，以本法的规定为准。”所以对出现的单行法律关于复议管辖问题的规定与本法规定不一致的情况，就应当以行政复议法规定为准。也就是说凡是在法律中明确规定只能由上一级主管部门管辖或者只能由本级人民政府管辖的，除海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关外，在复议管辖问题上都是要依照行政复议法规定执行的，申请复议应当由申请人选择，可以向该部门的本级人民政府申请行政复议，也可以向上一级主管部门申请行政复议。