代理说与机构说之争突出的表现在对于法人行为能力与责任能力的认识上。代理说认为，法人类似于无行为能力的未成年人或精神病人，其活动依赖于法人机关代理协助。而机构说则相反，机构说相信法人是一个超个人的团体，法人实体包括法人机关在内，具有像自然人一样的意思因素——团体意思，所以具有行为能力。法人机关为法人意思的创制者和代表者，也是法人的执行机关和监察机关，其行为成为法人的自身行为。在责任能力方面，法人具有责任能力，是指法人得对其机关的不法行为自行承担责任。法人具有责任能力的含义表现在两个方面：首先，法人有以自己名义承担责任的能力；其次，这种责任能力意味着当不法行为由法人机关作出时，应当法人自负责任，而不是法人转承责任。在德国法上，承认法人应对委任人的职务不法行为负责，对雇员的职务不法行为负责，这种责任就称为法人的转承责任。

    由于责任能力与行为能力问题相关联，因此，如果站在代理说的立场，那么认为法人既无行为能力，必然也没有责任能力。而在机构说看来，法人既然是一个不同于自然人的实体，有意思能力，自然也就具备行为能力和责任能力，法人机关进行民事活动所实施的行为，均应视为法人自身的行为，当然应由法人承担其法律后果。

    代理说与机构说之争，核心问题在于是否以自然人为参照系来对比法人。代理说认为只有自然人才具有意思能力，而法人是法律上的拟制，不具备意思能力。意思能力是行为能力存在的基础，也是责任能力发生的基准。如自然人对其不法行为的辨别能力，构成规定其责任能力的理由。法人既无意思能力，那么也没有对其不法行为进行辨别的能力，自然也没有责任能力。法人机关只是法人的代理人，其发生职务责任行为时，属于超出代理权限范畴，由代理人自负责任。而赞成机构说的学者，必然论证法人是一个真正的人而不是一个法律虚构，这样才能解决法人的意思能力问题，同此逻辑，才能顺理成章的说服他人“法人有行为能力和责任能力”。这种与自然人的对比构成了法人本质、法人机关与法人关系长期争论不休的原因。有学者认为，这种设计思考是对法人制度价值的偏离。[73]设计自然人具有责任能力，是以识别能力为基础，法律意图让自然人树立个人负责精神，从而充分发挥个人的理性价值。因此，设计法人是否具有责任能力，其必要性在于是否有利于促进法人价值的合理发挥。如果有此必要，则可以不问有无识别能力，而直接规定其具有责任能力。所以按照法的价值论来解释，其责任能力应以行为主体有无必要独立承担责任为基础，而不是绝对以有无意思能力为基础。但是，这种理论毕竟有些牵强，因为法人是否具有行为能力和责任能力恰恰是拟制说与实在说的分歧所在。对于立法者来说，一项法律制度的设置肯定有其产生的背景和价值上的考虑，但这并不能从理论上完全说明问题。我认为，如果把法人确定为一种法律主体，自然也应承认其有独立的意志，并能识别事务和预见将来，而法人作为组织体，这些功能只能由法人机关来实现。法人机关是由自然人组成的，所以法人机关的意思能力，实际上就是其自然人通过一定的聚合过程形成的识别事务的能力。既然我们承认法人意思已与法人成员个人的意思分离了，就应承认法人通过其机关而有自己的意思能力，进而也有自己的行为能力和责任能力。

    代理说和机构说之争，如同拟制说与实在说之争一样，看似是学理之争，但其背后蕴藏的深意，会成为很多现实问题的出发点。例如：法人自身能否知悉，能否对意思表示产生误解？法人有无侵权行为能力？诸如此类，不一而足。而在学界众说纷纭的情况下，各国立法仍然不可避免要面对法人机关的制度设计问题。对此，德国采取的折衷主义的态度。在德国民法典的《立法理由书》中，有“法人作为人为创造之、缺乏意思之权利载体，必须由他人代表”之辞。不过，民法典的制订者最后力争从学说之争中解脱出来，在民法典的《立法记录》中，立法者强调指出：“法人是具有行为能力的实体，因而通过其机构自身来参与交易，抑或是不具有行为能力，因而需要他人来代表？这个问题，应当由法学界来定夺。”[74]立法者的态度也反映在民法典当中，《德国民法典》第26条第二款规定：“董事会在法庭内和法庭外代表社团；董事会具有法定代表人的地位。代表权的范围可通过章程进行限制，其作用可对抗第三人。”[75]这一规定，立法者似乎是采纳法人机关代表说，即代理说。但是，依据《德国民法典》第31条规定：“对于董事会、一名董事会成员或者一名合法任命的代理人由于执行属于权限以内的事务，发生应负损害赔偿责任的行为，致使第三人受到损害时，社团应负损害赔偿责任。”[76]这一规定，似乎表明董事会和董事会成员，而且还包括合法任命的代理人可以将其从事的法律行为的后果归属于法人，还可以将其实施的事实上的、产生损害赔偿的后果归属于法人。从结果上看，该条规定采纳了机构说的根本部分。因此，《德国民法典》名义上，以拟制说为基础，采纳了代理说，称法人机关为代理机关或代表机关，但在法人机关的责任能力方面，却是以实在说为基础的，作了法人机关与法人为一体的处理。这种处理似乎是矛盾的，与德国人追求概念的精确、法典的完美有些不符合。但是，如果从实用主义的角度，我们完全可以理解德国的双轨制——区分法律行为与责任能力，在法律行为领域，采纳法人机关代理说或代表说；在责任行为领域，采纳机构说。这种做法与创建法人制度的目的相关联，以达致对于法人这一团体形式的合理运用。解决了法人的自然属性与法律属性的矛盾。即，在内部认为法人与法人机关可以分离，这样可以约束法人机关在法人的目的事业范围内行事，维护法人的整体性。法人机关及其成员，在它所处的特殊位置，与单纯作为自我的一面不同，此时法人机关或者它的成员，必须合乎逻辑地置于法人整体性原则之下，受到约束，承担相应的责任。[77]而在外部，为了保护交易安全及善意第三人，同时也不让法人复杂的内部结构设计影响到交易安全，只能让法人和法人机关作为一个整体对第三人负责。