然而，对传统儒家从人伦道德角度证成的君主专制制度的正当性，至迟到明末清初时，黄宗羲、顾炎武、王夫之、唐甄等人就已经提出了质疑，而这些明末清初的思想家们无一位不属于正统的儒学中人。尽管他们那时尚未能发展出具有近代特征的国家意识，但君主专制权力的正当性在儒学内部被提了出来，这本身就说明传统的政治权力正当性理念已经不再是无可怀疑的了。我们知道，自明朝以来，有着久远历史的君主专制权力不仅未有收敛，反而极度膨胀，乃至于在高度认同君主专制的传统儒学看来也是难以忍受的，黄宗羲重提“置相”，尤其是强烈主张“学校议政”，便是这方面的明证。君主专制权力的恶化，从根本上阻塞了儒家知识分子参与国家政治建设的诸如“忠臣良相”、“为王者师”之类的传统路径，致使儒学思想基调在明清之际发生了不应被忽略的动摇和转向。就我们现在所关心的问题而言，恶化了的君主专制权力确乎有可能导致儒学中人与君主专制政治的疏远，对此，虽不是当时人们所能够普遍地明白意识得到的，但某种程度的思想基调之转向同时就潜滋暗长着对传统政治权力正当性理念的怀疑和不安定因素，却是事实。譬如，唐甄就把丧失了“民”之支持的君主叫做“独夫”，而且明确宣称“自秦以来，凡为帝王皆贼也。” 黄宗羲亦尖锐地指出，专制君主在争夺天下的时候，“屠毒天下之肝脑，离散天下之子女，以博我一人之产业”，而在夺取了天下之后，又“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女，以奉我一人之淫乐”，如此说来，专制君主确乎为“天下之大害”，“天下之人怨恶其君，视之如寇仇，名之为独夫”，也就势所必然了。尽管唐甄、黄宗羲等人依旧是站在传统儒学的民本主义立场上声讨专制君主权力，实质上仍然是一种道德理想主义的批判，但他们同时提出了“公”与“私”分离而各安其分的主张，把礼法名教及其所支持的君主专制制度的实质判定为“私天下”，进而作出无情的挞伐，这对传统儒学所提供的君主专制正当性论证无疑是一个极大的动摇，期望君王如父母般善待臣民，无私地爱护臣民百姓看来是一种过于玄远的道德理想，道德理想主义与实际的社会生活毕竟存在着差异，怀疑和不安定因子的孕育是难以避免的了。而这种怀疑和不安定因素在近代外来文化的提示和催迫下必定形成为一种强大的思想潮流，而这种潮流又为近代西方自然权利观念在中国产生影响提供了内在动因。梁启超就曾这样说过：“梁启超、谭嗣同辈倡民权共和之说，则将其书（指黄宗羲的《明夷待访录》）节钞，印数万本，秘密散布，于晚清思想之骤变，极有力焉。”