这种价值层面上的激烈冲突深刻地影响到侦查程序的设计和运作：从巩卫安全、维护秩序的角度说，侦查程序在设计上应当充分照顾侦查权行使的便捷性，以利于及时发现犯罪、揭露犯罪和证实犯罪。为此，从总体上看，侦查程序与消极被动的审判程序不同，其发动和运行应当体现积极主动的特征；但是另一方面，从保障人权、维护自由的角度说，侦查程序在设计和运作上又应当对犯罪嫌疑人的权益保障倾注必要的关注，程序的架构必须突出程序的限权功能和体现程序的控权性，通过科学、合理的程序设置制约国家侦查权，防止其误用、滥用，危害人权。为此，侦查程序的发动、运行和终结始终应当受到程序法的严格控制，必须依循刑事诉讼法明文规定的程序和规则进行。从现实来看，侦查程序正是在这种相互矛盾、冲突又不断得到调适、衡平的理念的支配下，启动、运行直至终结的。

　　一、启动程序

　　由于刑事侦查程序的运作以损害公民个人自由为代价，随意启动刑事侦查程序，必将给个人自由造成极大威胁，因此，刑事侦查程序的启动必须慎重。一般认为，侦查程序的启动应当遵循公共性和合理性两项原则。

　　公共性原则要求侦查权作为一项国家公权力，其启动应当以维护公共秩序为目标。所谓公共秩序具有两层含义：其一，它是一种事实状态，不包括精神状态，不道德的观念，如果没有表现为外部行为可能破坏社会秩序，即不在国家权力的活动范围之内。[3]根据这一原则的要求，追究思想犯罪遭到禁止，侦查程序只能针对犯罪行为而发动。在刑事侦查领域，诱捕侦查措施因涉及这一原则而存在争议。所谓诱捕侦查（encouragement），指的是，国家侦查机关针对那些已有犯罪意图的人，为获得对其提起刑事诉讼的证据而诱使他实施犯罪行为，并在其实是犯罪行为时，将其抓获并提起刑事指控。例如侦查员化装成吸毒者，引诱毒犯与之交易，并乘机将其抓获。由于诱捕侦查系针对已有犯意之人而实施，容易导致仅仅依据犯罪意图就启动侦查，有混淆信念和行为的界限，危害公民自由之虞，因此，各国对诱捕侦查的合法性争议都较大。[4]这里需要注意的是限度，即嫌疑人不仅已有犯意流露，而且已经积极寻求犯罪条件的具备，如为盗窃特种商品而积极寻求买主、为出手毒品而联系下家等。其二，公共秩序具有公共性质，个人生活范围之内的事件不影响外部秩序时，也不在国家权力的活动范围之内。这一原则要求对公共生活与私人生活、公共信息与个人隐私进行界分，侦查权作为一种国家公权力不可侵犯私生活、不可干涉民事领域。侦查行为必须针对侵犯公共生活的犯罪行为而发动，侦查机关必须恪守“民刑分离原则”，对民事案件和民刑交错的案件采取“民事不介入原则”的消极态度，对于公民的民事违法行为绝对不能发动刑事追究。在实践中，存在所谓“圈套案件”，即有关人员虽然向侦查机关提出控告或检举，但是其真实的意图却是希望以此促使民事纠纷的解决，例如有人控告他人诈骗罪，其实是希望以此督促对方履行债务。对于这种“以解决民事为目的利用刑事”的“圈套案件”，侦查机关一定要审慎对待，以免被当事人所利用，违背了“民事不介入”的司法原则。[4]同时，这一原则还要求侦查机关在侦查涉及公民私生活领域的犯罪行为时，保持一种克制态度，例如在德国，刑事诉讼法规定，一旦有犯罪行为嫌疑时，警察应当接受对犯罪行为的告发、告诉和启动侦查程序。但实际上对于一定案件，警察却往往不履行这个法定义务。如在家庭、朋友或者邻居等社会亲近范畴内发生了轻微的身体伤害、强迫或者侮辱情况的时候，警察往往是拒绝受理告发。显然，面对这类情况，警察不怎么视自己为一个犯罪行为追究机关，而更视自己是一个调解、安抚部门，它不愿意启动程序，以免进一步加深争执。[5]