二审法院认为：

　　原审判决中关于穗安公司与凯丰码头之间存在仓储保管合同关系、本案货物损失63，184.90美元、深圳船代不承担责任的理由及结论是正确的， 应予维持。

　　本诉所争议的货物，经过中国外轮总公司蛇口分公司赤湾办事处理货证明，在卸货时不存在货损和外包装不良的情况。现该货物在保管期间被水浸湿、发霉、变黑而受损，凯丰码头未能证明是属于不可抗力、货物本身的特性、缺陷等非港口责任原因造成的，因此，其应对货损负主要责任。同时，本案系国内港口与收货之间的赔偿责任关系，依据国家主管部门关于港口作业事故处理的规定，凯丰码头不能享受责任限制。穗安公司在货物卸船后未及时提货，造成损失扩大，也应对货损承担相应责任。

　　凯丰码头与穗安公司按照每立方米每天0.80元人民币结算堆存费，应视为双方对该收费标准达成合意，应予确认。凯丰码头关于穗安公司在其限期提货的情况下仍未提货，应按每超过十天加倍支付堆存罚金的主张，因该处罚标准是其自行确定，未经法定程序生效，没有法律约束力，且凯丰码头未尽保管责任，使货物受损，其该履约过错与延迟提货也有一定联系，因此不予支持。依据和参照国家关于货物运输和仓储保管的法律规定，及时提货是收货人的基本义务。违反该项义务的，收货人应支付一定超期罚金。本案中，穗安公司因自己的原因拖延较长时间才开始提货，未尽及时提货的义务和遵守“先提货后处理纠纷”的原则，在一定程度上影响了凯丰码头的作业，要求其向凯丰码头支付一定超期罚金是公平合理的。参照仓储保管合同实施细则第二十五条的规定，穗安公司应向凯丰码头支付三个月堆存费的违约金。原审法院审理反诉请求适用法律错误，应予纠正。穗安公司对反诉请求的上诉理由部分成立，应予以支持。

　　依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（三）项的规定，二审法院判决：

　　一、维持原审判决的第二判项；

　　二、变更原审判决的第一判项为：凯丰码头应赔偿穗安公司货损37，910.94美元（以给付当日中国人民银行颁布的兑换率折合人民币结算）、商检费人民币4，495.20元；

　　三、穗安公司应支付凯丰码头超期堆存费人民币27，038.88元。

　　凯丰码头不服二审判决，申请再审称：（一）二审判决未认定货物内包装破损不当。中国外轮理货总公司蛇口分公司的理货证明只证明货物外包装无残损，而该批货物受潮、发霉与其内包装缺陷有直接关系。（二）凯丰码头的超期收费标准系依法制定，并告知了穗安公司，应具有法律效力。（三）二审判决参照《仓储保管合同条例实施细则》第二十五条的规定不当。所谓“参照”，应是参照同行业其他码头关于超期堆存的有关规定，而不应参照该条例。