从行政实务来看，由于一部分行政指导行为可在没有专项行政法律法规的具体规定的情况下作出，所以对于行政指导行为的合法性问题过去一直有争论。其争论要点是：在全面推进依法行政的背景下采用行政指导行为是否具有合法性？换言之，实施行政指导是否符合依法行政的原则？对此，我们概括分析起来不难发现，无论在常规状态还是在紧急情况下，从有无具体法律依据的角度来看，行政机关采用行政指导措施通常有如下三种情况：其一，在已有关于行政指导的法律规定的情况下（例如我国《突发公共卫生事件应急条例》第三十四条关于卫生行政主管部门应当宣传突发事件防治知识的规定），行政机关依此规定实施宣传、解释、示范等行政指导，这当然不构成合法性冲突；其二，如已有关于行政许可、行政处罚、行政强制等行政行为的法律规定，为了更及时、更有效、更经济地实现行政目标或紧急行政目标，行政机关可在依此法律规定作出具有国家强制力的行政行为之前，作为弱行为前置程序而先实施行政指导，这也不构成合法性冲突；其三，如无上述两类专项行政法律法规的具体规定，行政机关还可在不违背宪政与行政法治一般原则和国家政策的前提下，出于正当目的且在其职责范围内实施行政指导（主要是实施授益性、助成性、引导性的行政指导措施），应当说这也不构成合法性冲突。可见，在上述三种情况下实施行政指导，不仅能有效满足行政管理包括公共危机管理的现实需求，而且并不违背现代依法行政的原则。这也是当代行政法学和行政方法论的一个重要研究结论，也是各国行政管理的客观事实。

　　3.积极地实施行政指导是公共危机管理中的政府职责与有效手段。

　　也许有人会提出，在公共应急法制逐步完善的情况下（例如我国在《传染病防治法》的基础上近期又出台了《突发公共卫生事件应急条例》、《传染性非典型肺炎防治管理办法》，公共卫生应急法律、法规、规章等规范趋于完备），是否仍有采用行政指导措施的必要性？的确，以往人们大都认为，行政指导是一种柔软灵活的非权力强制性的行政方式方法，行政相对人是否听从行政指导由其自主选择决定，行政指导行为的效果是不确定的，故充其量也只适用于常规状态下的行政管理，而在出现突发公共事件导致紧急情况特别是引发社会危机的情况下，政府自当采用权力强制性的行政指令措施（特别是行政强制措施）来强力应对危机，而不大适用行政指导。但这次非典危机政府管理过程中采用了不少行政指导措施并发挥出特殊作用的事实表明，即便在公共危机管理中也有必要和条件适当运用行政指导，因为这有利于减小政府机关与人民群众之间的张力，形成和维持行政权力与公民权利之间的良性互动关系。

　　透过行政法治的实务观察和理论分析不难看到，无论人们主观上多么想把一般行政法律规范以及公共应急法律规范设计得十分周全，实际上都不可能穷尽突发公共事件中政府应对举措的方方面面，无法对之全部作出细密的法律规定，难免存在一般行政法律规范以及公共应急法律规范的空白之处和无力之处（也称为法律空地、法律软腹），无论人大立法还是行政立法都难以完全满足迅速变化的社会现实特别是公共危机管理对行政法律依据的客观要求，这是行政法制建设的主观愿望与客观现实之间普遍和永恒存在的矛盾，也即“立法文件永远落后于社会生活”这种有限理性现象的表现之一；而人民政府的角色要求（要努力建设成为服务型政府、责任政府和法治政府）又决定了它不能简单地以“此事没有具体法律规定”为由，对某些现实而紧迫的公共管理需求（如非典危机管理需求）视而不见、消极回避或无所作为，如果出现没有具体的法律规定但属于各级政府和行政机关职责范围内的事务时，或者遽然采取权力强制性的行政指令行为的抵触太大、成本太高、效果不好的时候，就更需要注重发挥行政指导的特殊作用，以满足经济与社会生活对行政管理的现实需求。这既是行政主体积极履行行政管理职责的角色要求，而且操作灵活、成本较低且较有实效，同时行政相对人具有自主选择性，符合行政民主化的世界性潮流，有利于保持和谐的官民关系。因此，即便在突发事件（包括突发公共卫生事件）政府应急管理过程中，也并不需要一味只采取行政指令措施特别是行政强制措施，还可适当采用柔软简便、不具有强制力、不直接产生法律效果的行政指导措施与之配合发挥作用，多管齐下，软硬兼施，尽职尽责，有所作为。