一审判决后，君元公司、腾瑞公司、王军均不服，均向本院提出上诉。

　　君元公司的上诉理由是：一审认定事实不清。王军是2004年1月8日真正离开君元公司的，一审却认定王军在2001年9月2日就已离开君元公司，这是不符合事实的。王军在2001年9月向君元公司办理交接手续时，没有向君元公司交接可运行的软件源程序，关于此事王军在一审开庭时已经承认，而一审判决却没有支持君元公司关于让王军交出可运行的软件源程序的请求。关于王军和腾瑞公司诋毁君元公司声誉一节，君元公司已向法院提供了证据，一审法院不予采纳是错误的。航天医院和急救中心在法院调查时没有完全讲实话，一审法院并没有查清相关事实。因此，君元公司请求二审法院依法改判，支持君元公司提出的判令王军及腾瑞公司交付航天医院计算机信息管理系统和急救中心计算机信息管理系统软件源程序及文档、停止侵害君元公司声誉的行为的上诉请求。

　　腾瑞公司和王军共同提出的上诉理由是：王军和腾瑞公司没有侵犯君元公司的所谓“商业秘密”。在一审审理过程中，君元公司没有明确其商业秘密的具体对象，只向一审法院递交了一张光盘，但该光盘中记载的是何内容，君元公司未予说明，一审审理时也未做演示，在这种情况下，一审判决书却代替君元公司明确指出航天医院及急救中心的计算机信息管理系统的源代码是商业秘密，这对腾瑞公司和王军是不公平的。涉案计算机信息管理系统是君元公司与航天医院、急救中心共同开发的，双方约定共同享有该软件系统的版权。王军是应该软件系统权利人之一航天医院、急救中心的邀请为两医院做系统维护工作。在维护过程中，因需要开发新的功能王军使用了源代码，王军所使用的源代码是由权利人提供的，王军的使用是基于权利人的授权，使用的目的也是为了维护航天医院和急救中心的正当利益。王军和腾瑞公司没有向两家医院以外的其他任何单位泄露相关信息，更何况王军和腾瑞公司接受两医院计算机信息管理系统的维护工作是因为君元公司放弃了替两医院进行系统维护的工作。因此，王军和腾瑞公司没有侵犯君元公司的商业秘密。王军在君元公司工作期间及2001年9月离开君元公司时，并未与君元公司签订任何保密协议或竞业禁止协议，所以君元公司没有权利阻止王军从事系统的维护工作。王军利用自己的专业特长从事系统维护工作，不构成不正当竞争。王军和腾瑞公司也没有实施诋毁君元公司声誉的行为，故请求二审法院查明事实，依法改判，驳回君元公司的全部诉讼请求，并由君元公司承担全部诉讼费用。

　　本院经审理查明：1998年11月23日，君元公司成立，经营范围是技术开发、技术咨询等。王军系该公司职员，也是该公司股东。

　　1999年4月22日，君元公司与急救中心签订了一份技术开发合同，约定：由急救中心委托君元公司开发“经济核算系统软件”(即本案所称“计算机信息管理系统”软件);本项目研究开发经费及报酬为414 336元;有关技术资料未经对方同意不得向第三方泄漏(仅限有关急救管理模式的单位);专利申请权、非专利技术成果的使用权、转让权归双方所有(仅限有关急救管理模式的单位)。合同中写明王军是联系人。

　　2000年10月10日，君元公司与航天医院签订一份技术开发合同，约定：由航天医院委托君元公司开发“各门诊部计算机信息管理系统”;本项目开发总费用为10万元;双方对该“管理系统”的软件实现技术，有关文档及应用数据进行保密;该“管理系统”的技术成果归双方共有。

　　2000年10月25日，君元公司与航天医院又签订了一份“计算机信息管理系统维护”合同，约定：虽然君元公司已将“航天医院计算机信息管理系统”完成并提交给航天医院，但目前仍然存在着一些需要进一步修改和完善的内容。君元公司承诺将上述遗留问题列入日常维护的内容之一，并在2001年12月31日前全部将遗留问题解决。每年维护费为5万元。

　　王军参与了上述计算机管理信息系统的开发工作。

　　2001年9月2日，王军与君元公司签订了一份工作交接清单。该清单上写明王军交回了急救中心现在运行的源程序、航天医院现在运行的源程序、航天医院黄楼门诊部现在运行的全部源程序。君元公司法定代表人蔡峰峰作为接受人，在交接单上签了字。2001年9月30日，王军与蔡峰峰签订了《股权转让协议》，约定：今王军将其名下20万元的股份全部转让给蔡峰峰。王军、蔡峰峰及君元公司的其他股东也在协议上签了字。王军主张他于此时即已离开了君元公司。君元公司对此不予认可，认为王军作为君元公司的股东之一，其真正离开君元公司的时间是2004年1月8日，因为在这一天王军才办理了股份转让手续。在2002年时君元公司还派王军到君元公司的关联公司——北京卓异时空科技有限公司(以下简称卓异时空公司)去工作，卓异时空公司代君元公司向王军支付了3个月的工资。王军对此不予认可。

　　2002年3月4日，腾瑞公司成立，经营范围包括技术咨询、技术转让、技术服务等。王军是该公司的股东，同时还任该公司的法定代表人。