本案的争议焦点在于，王军及腾瑞公司接受航天医院和急救中心的委托，为两医院进行计算机信息管理系统的维护，是否侵犯了君元公司的商业秘密，构成了不正当竞争。
根据我国反不正当竞争法的规定，经营者披露、使用或许可他人使用以不正当的手段获取的权利人的商业秘密的行为，属于侵犯商业秘密。
在本案中，王军原系君元公司职员，也是君元公司与航天医院、急救中心合作开发计算机信息管理系统的开发人、联系人。故王军在君元公司期间掌握该系统的软件源程序。但王军实际已于2001年9月离开了君元公司，在离开时已经向君元公司交接了两医院当时正在运行的软件源程序。王军及腾瑞公司在接受航天医院和急救中心委托为两医院进行计算机信息管理系统维护时所需的计算机软件源程序是两医院提供给王军及腾瑞公司的，而两医院是涉案计算机信息管理系统的权利人之一，两医院有权为维护自己享有权利的计算机信息管理系统而使用该系统的软件源程序。故王军及腾瑞公司没有采用不正当手段获取君元公司的商业秘密。
君元公司虽主张王军离开公司的时间是在2004年1月8日王军正式办理了股权转让手续以后，但根据本案当事人所举证据，股份转让手续正式办理完成的时间并不能等同于王军实际离开公司的时间;王军在卓异时空公司领取工资，也不能说明王军尚没有离开君元公司，因为君元公司对其指派王军到卓异时空公司去工作的有关陈述没有提供证据予以证明。故本院对君元公司此主张不予采信。
君元公司还主张其在完成航天公司和急救中心计算机信息管理系统开发后，并没有将软件的源程序交付给两医院，应该是王军将软件源程序交给的两医院，但君元公司的这一主张也只是猜测，并没有证据加以证实。两医院作为计算机信息管理系统的权利人之一，其掌握该系统的软件源程序本不足为疑，更何况两医院均出具书证，力证是其将软件源程序交给王军和腾瑞公司的，故本院没有理由怀疑王军和腾瑞公司关于两医院向其提供了软件源程序这一陈述的真实性。
关于君元公司提出王军和腾瑞公司不应在明知权利人对计算机信息管理系统软件源程序有保密约定的情况下，仍使用该软件源程序为自己谋取不正当利益，构成侵犯其商业秘密的主张，本院认为，航天医院和急救中心作为涉案计算机信息管理系统的权利人和使用人，其虽然与君元公司有约定，对涉案计算机信息管理系统不得向第三人泄露。但航天医院和急救中心在其所有的计算机信息管理系统出现问题，又得不到君元公司技术支持的情况下，为了使该系统能够保持正常使用，委托王军和腾瑞公司作为该系统的维护人并向其提供该系统的软件源程序，目的是使自己的合法权益得以实现，航天医院和急救中心的行为实际是对其享有的计算机信息管理系统的使用行为。航天医院和急救中心的这种使用行为，与我国反不正当竞争法所禁止的违反约定或违反权利人有关保密要求，披露、使用或许可他人使用商业秘密，以获取不正当利益的行为有本质的不同。而王军和腾瑞公司所做的维护工作的性质是为航天医院和急救中心医院提供技术服务，软件源程序是其进行维护工作时所必需使用的工具，现有证据表明，王军和腾瑞公司除为两医院进行系统维护外，并没有向其他人批露、也没有向他人提供或许可他人使用涉案计算机信息管理系统的软件源程序。所以，王军和腾瑞公司上述使用行为也与我国反不正当竞争法禁止的第三人明知或应知有违法行为，仍获取、使用或披露他人的商业秘密的行为也有本质的不同。因此，君元公司的主张显然错误的理解了反不正当竞争法的有关规定，本院不予采纳。一审判决支持了君元公司的上述主张，属适用法律不当，应予纠正。
另外，君元公司主张是因为王军和腾瑞公司向两医院散布了君元公司面临倒闭的虚假信息，才使两医院将系统维护工作交与了王军和腾瑞公司，但在航天医院、急救中心以及案外人中国中医研究院望京医院的相关陈述中均没有关于王军和腾瑞公司有向其散布上述言论的意思表示，君元公司所提证据并不充分，因此，本院认为君元公司提出王军和腾瑞公司散布虚假事实，损害其声誉，与之抢夺客户的主张，本院不予认可。
现有证据表明，急救中心在与君元公司签订计算机信息管理系统技术开发合同时，并未约定该将系统的维护工作交与君元公司承担，故其有权另行选择维护系统的人。而航天医院虽然与君元公司签订了系统维护合同，但该合同中明确写明君元公司交付的计算机信息管理系统存在一些需要改进和完善的地方，君元公司承诺在2001年底解决全部遗留问题。而君元公司虽提出证据试图证明其为系统维护做了工作，但是否已经解决了全部遗留问题，是否达到了航天医院的要求，该系统维护合同是否得到了实际履行，在本案中君元公司所举出的证据并不充分。航天医院却出证证明在2001年航天医院的计算机信息管理系统出现重大问题时君元公司没有尽到为其维护计算机信息管理系统以达到正常使用的义务。而王军在离开君元公司时，君元公司并未与王军签订保密协议或竞业限制协议，王军以及腾瑞公司在接受航天医院和急救中心委托后，利用自己的专业知识为两医院提供技术服务，没有任何过错。
