1990年2月12日农业部发布《农民股份合作企业暂行规定》，以政府部门规章的形式界定了“农民股份合作企业”的涵义：农民股份合作企业是指三户以上劳动农民，按照协议，以资金、实物、技术、劳力等作为股份，自愿组织起来从事生产经营活动，接受国家计划指导，实行民主管理，以按劳分配为主，又有一定比例的股金分红，有公共积累，能独立承担民事责任，经依法批准建立的经济组织。随着实践和认识的深入,计划经济的意识逐渐淡化，农业部在1992年12月《关于推行和完善乡镇企业股份合作制的通知》中重新对股份合作企业作了界定：股份合作企业是指两个以上劳动者或投资者，按照章程或协议，以资金、实物、技术、土地使用权等作为股份，自愿组织起来，依法从事各种生产经营服务活动，实行民主管理，按劳分配和按股分配相结合，并留有公共积累的企业法人或经济实体。在地方法规中，《成都市股份合作制企业条例》第二条规定：本条例所称的股份合作制企业，是指其一半以上的股份由组成该企业的职工入股构成，职工股东合作劳动、民主管理、按劳分配和按股分红相结合的企业法人。而《深圳经济特区股份合作公司条例》对股份合作企业则有更为独到的判断：股份合作公司是指依照本条例设立的，由社区集体所有财产折成等额股份并或募集部分股份构成的。股东按照章程规定享受权利和承担义务，公司以其全部资产对公司债务承担责任的企业法人。这些法规都规定了股份合作制企业的按劳分配与按股分配相结合的分配制度，以及管理决策制度等，但是具体的规定又各不相同。

这种在理论和立法上的分歧必定会带来实践上的问题,主要表现在：（1）职工股东和社会股东的冲突.社会股东希望资本分红高，而职工股东更希望工资收入高、福利好，由于股份合作制企业的性质决定了职工股东在人数和股份数上均大于社会股东，既可操纵股东会也可操纵职工大会，甚至可以把持的修改权，因此往往会出现企业高工资、高福利、低分红等损害社会股东利益的情况。这种现象导致了无人愿意向股份合作企业投资，堵塞了这类企业的直接融资渠道；（2）股份合作制企业的民主管理制度存在的问题。主要是在表决权上，一般实行一人一票，或一股一票，而在股权结构设置上，作为承担管理经营职责的领导层的持股比例大多不高，这样管理层的去留掌握在职工股东手中，经营管理层为保住职位不得不花费大量的时间精力来协调与职工股东的关系，同时在经营上由于害怕承担责任，不敢根据市场变化大胆决策，丧失市场机遇。这也是造成这类企业竞争力不强的原因之一；（3）职工股东与企业的非股东职员之间身份上的差别，导致了管理上往往很难作到同等对待，造成管理制度执行困难。因此，笔者认为在理论和立法尚未完备的情况下，集体企业不宜提倡改制为股份合作制企业。