2、将政府投资工程与非政府投资工程严格地区分开来，对两类工程实施不同的管理。依照市场经济中公共产品的管理理念管理政府投资工程；按照具有明确业主一相当于私人工程的管理理念管理非政府投资工程。强化对于政府投资工程管理的深度和细度，使政府投资工程严格按照确定的程序和规则进行。简化政府对非政府投资工程的管理，对这部分工程，随着产权制度的深化改革和不断完善，政府将只进行建筑市场秩序，建筑物安全、施工安全和环境、卫生等事关公众利益的建设事务的监管。
    3、对非经营性政府投资工程要设立集中采购机构，对政府投资工程的建设实施进行相对集中的专业化管理。将政府投资工程进一步区分为非经营性政府投资工程和经营性政府投资工程。非经营性政府投资工程是政府投资工程管理方式改革的重点，要逐步推行相对集中的专业化机构管理，首先在政府投资的房屋建筑和市政基础设施工程中推行，铁路、交通、水力等专业工程可参照试点，条件成熟时，可依照本专业的实际需要贯彻专业化集中采购的原则。所谓相对集中，是考虑建设工程的专业性、适宜管理规模、行政辖区等因素确定若干家专业化管理机构，但不宜过于分散。通过专业化的集中采购，改变目前千家万户做政府投资工程业主，各行各业、内行外行都自己搞建设的现状。
    4、对经营性政府投资工程实行政企分开前提下的项目法人责任制。经营性政府投资工程继续实行项目法人制，但必须实现政企的完全分开，政府官员不再做项目法人，也不能兼任项目法人。项目法人是建筑市场的主体之一，要遵守建筑市场管理的法律法规。项目法人要承担项目建设和项目经营的责任，经营性项目完全按照企业方式运做和考核。
    5、建立科学规范的政府投资工程建设实施的运行机制。要按照项目投资、工程建设、市场监管、工程使用机构分开，政府管理职能和代理政府事务性、技术性、专业性职能分开(承担政府事务性的组织包括受制于特殊的政府采购规则的竞争性组织)，投资决策、建设实施、工程使用相互配合和制约，权责明确的原则，规划政府投资工程的运行机制。提高投资决策的科学性和确定性，提高建设实施过程的规范性，提高政府投资工程的投资和使用效益。
    6、建立合理的政府投资工程的管理体制。政府投资工程的管理牵扯面宽，综合性强，要根据国务院现行的"三定"方案，将改革内容融汇其中，建立政府投资工程合理的管理体制。政府的计划部门负责政府投资工程的建设规模和投资方向，财政部门负责资金筹措、拨付和资金使用监督，建设部门负责政府投资工程的建设实施组织、建成工程的维护维修。各级人民代表大会负责审议投资重大事项并实行全面的监督。政府着重于制定规则，具体操作可以授权、委托、通过竞争选择有关事业和企业组织。