在研究宣传阶段，通过课题研究和探讨，重点要完成政府决策部门、各主管部门的认识问题、管理体制框架问题。
在试点阶段，重点是组织各级建设行政主管部门开展政府投资工程建设管理方式改革的试点工作。建设行政主管部门可选择若干城市作为试点联系单位。省、自治区建设行政主管部门可以选择若干城市进行试点，直辖市建设行政主管部门可以在有条件的政府投资工程项目上进行试点。各省、自治区、直辖市建设行政主管部门和试点城市应当研究制定具体试点方案，加强组织领导，及时总结经验。
在规则建立阶段，一方面要填补政府投资工程管理方面法规制度的空白，如政府投资工程的管理运做程序方面的规定，对于专业化相对集中的组织机构管理规定等，一方面应当对于现有的法律法规进行调整完善，如招标投标、合同、造价等法律法规。
    整个政府投资工程管理方式的改革比较重要、难度也比较大的阶段在于规则建立之前的各个阶段，在制度实施和制度调整完善阶段，更多的是执法的问题和对新出现问题的微调过程。