2、申请强制执行主体和实施强制执行主体的局限性。

　　根据四十条的规定，对生效的行政处罚，申请法院强制执行的主体只能是作出处罚决定的行政机关。这种规定的背后可能存在一种情形，即行政机关不申请强制执行，这不但不能实现行政效能，也使得环境违法行为失去控制。同时，实施强制执行的主体只能是人民法院。而人民法院负责大量的强制执行任务，在执行力量有限的情況下，使得执行效果不好。

　　3、行政诉讼途径和民事诉讼途径解决环境侵权损失赔偿的冲突。

　　《中华人民共和国环境保护法》第四十一条规定“造成环境污染危害的，有责任排除危害，并对直接受到损害的单位或者个人赔偿损失”：“赔偿责任和赔偿金额的纠纷，可以根据当事人的请求，由环境保护行政主管部门或者其他依照法律规定行使环境监督管理权的部门处理;当事人对处理决定不服的，可以向人民法院起诉。当事人也可以直接向人民法院起诉”。这一法律规定隐含着三个问题。一是受到直接损害的单位或个人通过来哪种途径来获得赔偿;二是行政机关的处理是一种什么性质，如不服应如何救济;三是民事诉讼途径和行政途径解决环境危害的交叉。

　　针对第一个问题当事人可以选择民事诉讼或要求行政机关在处理环境违法问题时一并处理，无论采用哪种方式进行处理，获得赔偿的程序要件和实质要件已经很成熟，不再赘述;第二个问题行政机关在处理环境侵权损害赔偿问题时是一个居中裁决的身份，是对侵权者和被侵权者这一平等的主体之间的矛盾进行处理，对其处理不服的可以提起行政诉讼，要求重新做出裁决。实践中问题最突出的是第三个问题，即对同一环境违法行为，行政机关做出了罚款处罚或其他行政处罚措施，而直接受到侵害的被侵权者提起了环境民事诉讼，如停止侵害之诉，即对那些已经从事或者正在从事的破坏环境或者污染环境，从而对他人造成侵权的违法民事行为人提起的诉讼;排除妨碍之诉，即对那些从事了影响他人行使财产权或者环境权的行为人提起的诉讼;消除危险之诉，即对真实地计划从事某种活动并会对自己的民事权利或者环境权利造成危害的人提起的诉讼。法院该如何处理?讨论中有二种意见。一是当事人要求排除妨碍、停止侵害有事实和法律依据，应该支持，但判决环境侵权企业以怎样的方式停止侵害是一个难题，要求其搬迁，可能给企业造成的损害太大，违背利益均衡原则;要求其停止生产、关闭、停业整顿，缺乏法律依据。因根据我国环境保护法的固定，只有依法享有处罚权的环境主管部门才有权力责令企业停止生产、关闭、停业整顿。二是驳回原告的诉讼请求，但这样做却使得受侵害者的合法权益得不到保护。上述这种情况的存在造成诉讼中的困惑。