本案中，在石鸿林提供了上述证据证明其诉讼主张的情形下，华仁公司并未能提供相反证据予以反证，依法应当承担举证不能的不利后果。经本院反复释明，华仁公司最终仍未提供被控侵权的HR-Z软件源程序以供比对。华仁公司虽提供了DX-Z线切割控制器微处理器固件程序系统V3.0的计算机软件著作权登记证书，但其既未证明该软件与被控侵权的HR-Z软件属于同一软件，也未证明被控侵权的HR-Z软件的完成时间早于石鸿林的S系列软件，或系其独立开发完成。尽管华仁公司还称，其于二审中提供的2004年5月19日商业销售发票，可以证明其于2004年就开发完成了被控侵权软件。对此本院认为，该份发票上虽注明货物名称为HR-Z线切割控制器，但并不能当然推断出该控制器所使用的软件即为被控侵权的HR-Z软件，华仁公司也未就此进一步提供其他证据予以证实。同时结合该份发票并非正规的增值税发票、也未注明购货单位名称等一系列瑕疵，本院认为，华仁公司关于其于2004年就开发完成了被控侵权软件的诉讼主张缺乏事实依据，本院不予采纳。
　　
　　 综上，本院认为，根据现有证据，同时在华仁公司持有被控侵权的HR-Z软件源程序且无正当理由拒不提供的情形下，应当认定被控侵权的HR-Z软件与石鸿林的S系列软件构成实质相同，华仁公司侵犯了石鸿林S系列软件著作权。
　　
　　 三、本案侵权责任的承担
　　
　　 本案中，华仁公司侵犯了石鸿林S系列软件著作权，因此石鸿林关于请求判令华仁公司停止侵权的诉讼请求成立，本院予以支持。
　　
　　 我国著作权法第四十八条规定，“侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿”。本案中，石鸿林在一审诉讼中支付的诉讼代理费8000元、公证保全费用1200元，应视为其为制止侵权行为所支付的合理开支。因石鸿林并未举证证明其所受实际损失及华仁公司侵权获利，据此，本院根据华仁公司侵权行为的情节、侵权行为持续的时间、石鸿林为制止侵权行为所支付的合理开支等因素，酌情确定赔偿数额为79200元。另，因华仁公司侵权行为成立，本案二审鉴定费用21282元也应由华仁公司负担。
　　
　　 综上，上诉人石鸿林的上诉理由成立，本院予以支持。一审判决认定事实基本清楚，但因本院在二审中根据新的证据，依法重新认定了华仁公司的民事责任，故应予改判。依照《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（三）项，《中华人民共和国著作权法》第四十六条、第四十八条，《计算机软件保护条例》第三条、第二十三条、第二十五条，《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、第三条、第二十五条第二款、第七十五条之规定，判决如下：
　　
　　 一、撤销江苏省泰州市中级人民法院（2006）泰民三初字第2号民事判决。
　　
　　 二、华仁公司立即停止生产、销售侵犯石鸿林S型线切割机床单片机控制器系统软件V1.0著作权的产品。
　　
　　 三、华仁公司于本判决生效之日起10日内赔偿石鸿林经济损失79200元。
　　
　　 四、驳回石鸿林的其他诉讼请求。
　　
　　 如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
　　
　　 一审案件受理费3694元、其他诉讼费300元，合计3994元，由华仁公司负担。二审案件受理费3694元、其他诉讼费300元，合计3994元，由华仁公司负担。本案二审司法鉴定费用共21282元，由华仁公司负担。（石鸿林预交的二审案件受理费本院不予退还，由华仁公司直接向石鸿林给付；石鸿林预交的二审司法鉴定费用，由华仁公司直接向石鸿林给付）。
　　
　　 本判决为终审判决。

　　                                                                                                                                                              审　判　长　　　宋　健　
　　                                                                                                                                                             代理审判员　　　顾　韬