由此，如果在公司成立后，多数股东通过控制股东会的方式，以公司章程实质修改原本约定的股东契约内容，则一方面公司章程的新内容对全体股东(包括反对股东)具有约束力;另一方面，反对股东可以根据股东间契约诉其他股东承担违约责任。[13]此即笔者所谓，基于股东自治而形成的“股东间契约关系相对独立性原理”。因此，在司法实践中，原则上应尊重股东之间的私人协议在约束公司行为和审判公司案件中的意义。[14]

　　2.公司自治：不完全的私法自治

　　理论界对所谓公司自治的理解存在一些差异，有人是从公司与股东的关系来理解公司自治的，还有人是从政府与企业关系的角度来认识公司自治。在英美法系国家，前一种理解似乎占据主导，即所谓公司自治是将公司作为与股东不同的一种人格主体来对待，即公司相对于股东而言是自治的——自己管理公司内部事务，股东不能随意干预公司内部事务。但在我国，学者对公司自治的解释总是离不开探讨公司与政府的关系，也就是说，所谓公司自治在某种意义上带有政企分开的意义。[15]无论做何种理解，公司自治意图在公司内部和外部将公司锻造为一种独立的法律主体，由公司自己决策和管理其内外事务。对这种决策和管理，股东、立法和司法机关均不得随意干涉。[16]

　　公司自治在立法安排上主要通过两种形式实现：其一，基于公司章程的自治——“自己制定自己的法律”。即法律将公司章程作为规管公司及其成员、管理者的根本条规，赋予其公司内部宪章的地位，通过公司章程塑造一体行动的公司内部王国。使公司章程对公司内部特定主体(股东、董事、高管、监事、公司)具有法律般的效力，由公司“自己制定自己的法律”，从而实现公司自己管理自己事务的目标。因此，法院在审理公司法案件中，要特别关注公司章程的规定。尤其是新《公司法》扩张了公司章程的效力范围，使公司高管均受章程约束。而所谓高管，一方面包括公司经理、副经理、财务负责人、上市公司董事会秘书，另一方面还包括公司章程规定的其他人员，甚至还可能包括部门经理。由此，法院在个案审理中一定要特别查明，涉案当事人是否属于公司章程约束范围，从而判断是否可用公司章程条款来解决所涉纠纷;其二，基于多数决议的自治——“自己决议自己的事务”。法律为公司设定了自身的管理机关，由股东会、董事会、监事会分别就有关公司事务独立决策，由此形成公司意思、对外表达公司意思，使无生命的公司通过法律拟制变成一个独立的人格主体。公司机关型构了公司的大脑。