由此长水委的主要职权应有：对地区性水利设施进行指导监督服务，负责制定长江流域水资源保护的规划和计划、总量控制计划、污染防治计划、供水计划、防御洪水方案等，定期做流域水质检测，对取水、排污等有许可权，对跨行政区的水污染纠纷、用水纠纷等有处理权，应尽早确立必要的行政强制权和行政处罚权，另外还有依法收费(税)用以养水的权利等。21世纪的长江水利委员会应该结合中国国情并借鉴美国田纳西流域管理委员会(TVA)的一些职能体系：强有力的行政管理体系;坚实的基础事业体系;高水平的科研、咨询体系;多层次的金融、财政物质支撑体系;完善的工程立项审查、建设管理、质量监督体系;对灾害的预测、预报、监测、评估和抢险救助体系等。

　　2、建立健全水资源的市场机制，促进长江流域水资源可持续利用。

　　《长江法》应当贯彻水量与水质管理并重，开发与节约并举的政策，可在《长江法》中流域水资源开发利用这一章对现有水权制度进行一些创新。我国水权制度存在很多缺陷，限于篇幅这里无法系统阐述，仅论述一下构建水权市场的问题，尤其在南水北调中具有重要意义。

　　水资源的短缺除了自然原因，更主要的在于对水资源的开发管理的低水平和水资源的市场机制不健全。我国宪法虽然规定了水资源的所有权以及与用益物权相似的非所有人对于水资源的使用权、收益权，但并未将这种权利明确定性为用益物权，更未见使用和界定“水权”这一法律概念。 多数学者认为，按照现代各国水法的一般规定，水权即为依法对于地面水和地下水取得使用或收益的权利。 根据此定义，一方面，水权是独立于水资源所有权的一项法律制度;另一方面，水权是水资源的非所有人依照法律的规定或合同的约定所享有的对水资源的使用或收益权。我们把水权定位为用益物权，为一项财产权，可以在市场主体之间进行交换，也可以依法作为抵押、入股、出租的标的。如此一来，就为利用市场价格和竞争机制实现水资源分配提供了必要的前提条件，一举打破了水资源禁止流转而造成的市场禁锢。

　　我国中央政府通过行政命令在垂直的企业管理模式中配置水资源总量已经过分庞大。国家(这个超级企业)配置水资源的效率已经非常低下，我国水权制度变迁的方向应当是由市场配置水资源，国家只负责初始分配。2000年11月24日，浙江省东阳市同意以人民币2亿元一次性把东阳横锦水库的每年4999.9万立方米的永久用水权转让给义乌市，义乌负责向东阳供水方支付当年实际供水0.1元/立方米的综合管理费 ，形成了一个双赢的局面。举世瞩目的南水北调工程将根据每个城市的需水量按比例确定相应的股权进行投资，说明我国在加强水资源经济管理上加大了力度，向市场化迈出了一大步，但立法上相对于实践却显得滞后了许多。