在确认了合议制在理论上的合理性后，我们所需要做的是分析合议制普遍被违反的内在原因并寻找相应的救济方法。

作为中国传统文化的主导思想，儒家思想视“无讼”为理想境界，这我国古代法制史上漫长的重实体而轻程序的事实。程序法从诸法合体中独立出来还是晚清以后的事情。受长期传统法文化的影响，我国法学理论界和司法实务界坚持了“程序工具主义”，将“最大多数人的最大幸福”这一功利主义的原则应用于法律裁判的分析中，认为“对于法的实体部分来说，惟一值得捍卫的对象或目的是社会最大多数成员的幸福的最大化。而对于法的附属部分，惟一值得担卫的对象或者说目的乃是最大限度地把实体法付诸实施。”这是我国法学重实体而轻程序的理论根源，而建国以来的法学实践一直把法律作为阶级统治的工具而忽视法律作为社会综合调整器的重大意义，这更加弱化了全民的程序意识。（关于程序法的价值问题，参看刘乃忠、张云鹏《论程序法的独立价值》，载《武汉大学学报》（哲学与社会科学版）２０００年５月，及锁正杰《刑事程序价值论：程序正义与人权保障》，载《中国法学》２０００年第５期。）

这种重实体而轻程序的法制思想形成了现阶段合议制被普遍违反的思想根源。在人权保护、司法公正的呼声来越高的今天，程序本位主义取代程序工具主义，从而更加重视程序法的内在价值成为法学理论界和实务界的必然选择。（程序本位主义认为，评价法律程序的价值标准更在于其本身是否具有一些内在的优秀品质，而不仅在于程序作为实现实体法手段的有用性。见刘乃忠、张云鹏《论程序法的独立价值》，载《武汉大学学报》（哲学与社会科学版）２０００年５月，第３５２页。）相信随着人们对程序法独立价值的进一步认识，合议制的施行情况会有很大改观。

但是，对程序的忽视并非合议制在实践中被违反的唯一原因。司法权的政治化，其他机关如人大、政府、检察机关对司法权的侵越，法院内部体制的行政化，地方保护主义、部门保护主义及司法腐败问题使得在目前的中国社会人民法院无法真正享有独立的审判权，合议庭、审判员更不可能享有独立的审判权。对司法权性质的错误理解及检察院与法院间的关系模糊而又错乱，使得抗辩式庭审模式大打折扣，从制度上大大抵消了合议制仅存的一点优势。而法官素质的普遍低下使得合议庭作出判决时常常是“和稀泥”。这一切都是合议制设立的本源目的得不到实现的重要原因。合议制的推行与改善仅仅是整个司法改革过程中的一个环节。在考虑合议制的现状及未来时要综合地考虑到我国司法的整体状况，还有合议制与其他司法体制如审判委员会制、两审终审制、陪审制度、回避制度等的相互影响相互制约。