君元科技公司主张腾瑞科技公司和王军停止侵权、赔偿损失的诉讼请求，于法有据，本院予以支持。但对君元科技公司主张30万元的赔偿数额，没有充分依据，本院将参考腾瑞科技公司与航天医院和急救中心维护合同的金额、合同年限、使用源程序的作用等因素酌情确定赔偿额。而对于君元科技公司要求腾瑞科技公司、王军交回源程序以及停止损害该公司声誉行为的请求，没有相应事实和法律依据，本院不予支持。

    综上，依据《中华人民共和国反不正当竞争法》第十条第一款第（二）项、第二款、第三款，第二十条第一款之规定，判决如下：

    一、北京腾瑞科技有限公司、王军立即停止涉案侵犯北京君元科技有限公司商业秘密的行为；

    二、北京腾瑞科技有限公司、王军于本判决生效之日起十日内赔偿北京君元科技有限公司经济损失二十六万四千元；

    三、驳回北京君元科技有限公司的其他诉讼请求。

    案件受理费7010元，由北京君元科技有限公司负担840元（已交纳）；由北京腾瑞科技有限公司、王军负担6170元（于本判决生效后7日内交纳）。

    如不服本判决，可在判决书送达之日起15日内，向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于北京市第二中级人民法院。

                                审  判  长　　　    谢甄珂

                                    代理审判员    　　　普  翔

                                    代理审判员      　  刘德恒